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dicas:ccad [2010/07/13 17:59]
paulojus
dicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual)
paulojus
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   * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.   * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
   * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''​ccad.ufpr.br'' ​   * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''​ccad.ufpr.br'' ​
-  * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''​rlogin''​ (mais detalhes abaixo) 
   * O acesso à servidora ​ ''​ccad.ufpr.br''​ pode ser feito por ''​ssh''​ (inclusive gráfico com ''​ssh -X''​) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<​code>​   * O acesso à servidora ​ ''​ccad.ufpr.br''​ pode ser feito por ''​ssh''​ (inclusive gráfico com ''​ssh -X''​) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<​code>​
-ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</​code>​+ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</​code>​
   * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD   * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD
   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​
-passwd </​code>​+ccad:​~> ​passwd </​code>​
 ==== Uso ==== ==== Uso ====
   * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus/​restrito/​dicas/​node2.html|comandos básicos do LINUX]]   * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus/​restrito/​dicas/​node2.html|comandos básicos do LINUX]]
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 === Rodando o R === === Rodando o R ===
  
-== Rodando na forma interativa == +**IMPORTANTE:​**\\ 
 +Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:<​code>​ 
 +ccad:~> module load mod_R </​code>​
  
-foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório **não usual**: +Se voce é um usuário regular do este comando de carregar o modulo ​ pode ser colocado ​em seu ''​.bashrc''​ para que seja rodado automaticamente sempre que voce acessar ​CCAD.
-  /​cluster/​sw/​R +
-****Texto ​em negrito**** +
-Portando ​binário para execução está em: +
-  /​cluster/​sw/​R/​bin/​R+
  
-Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar ​o R voce pode adicionar ​no seu arquivo ​''​.bashrc'' ​a seguinte linha: +No momento ​modulo do R faz duas coisas: 
-  ​alias R="/​cluster/​sw/​R/​bin/​R"​+  - define o diretório do executável do R no seu ''​PATH''​ 
 +  ​- define o camilho de procura de bibliotecas adicionais do na conta da ''​paulojus''​ (para evitar que todos tenham que instalar os pacotes)
  
-Depois ​disto voce poderá usar o simplesmente digitando  +== Rodando na forma interativa ==  
-  ​R+ 
 +Depois ​de carregar o modulo do R voce poderá usar o programa de forma interativa ​simplesmente digitando  
 +  ​ccad:​~> ​R
  
 == Rodando como em "​background"​ ("​BATCH job") == == Rodando como em "​background"​ ("​BATCH job") ==
  
 Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH  e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:<​code>​ Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH  e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:<​code>​
-R CMD BATCH seu_programa.R & +ccad:​~> ​R CMD BATCH seu_programa.R & 
-tail -f seu_programa.Rout+ccad:​~> ​tail -f seu_programa.Rout
 </​code> ​ </​code> ​
  
   - No ''​R''​ sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''​print()''​ (por exemplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com<​code>​   - No ''​R''​ sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''​print()''​ (por exemplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com<​code>​
-tail -f seu_programa.Rout+ccad:​~> ​tail -f seu_programa.Rout
 </​code>​ </​code>​
   - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <​code>​   - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <​code>​
-ps -u SEU_LOGIN  +ccad:​~> ​ps -u SEU_LOGIN  
-top+ccad:​~> ​top
 </​code>​ </​code>​
  
-<note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster</​note>​+<note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster. Ou seja, ao invés de fazer como descrito acima devemos submeter processos R da seguinte forma:</​note>​
  
 Os passos básicos são (adaptar para suas configurações) Os passos básicos são (adaptar para suas configurações)
   - Definir o ambiente de trabalho, basicamente:​   - Definir o ambiente de trabalho, basicamente:​
-    * criar um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em ''​SEU_DIRETORIO''​)+    * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em ''​SEU_DIRETORIO''​)<​code>​ 
 +ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO 
 +ccad:~> cd SEU_DIRETORIO 
 +</​code>​
     * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação,​ etc. (substituir abaixo em ''​seu_programa.R''​)     * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação,​ etc. (substituir abaixo em ''​seu_programa.R''​)
   - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de ''​run.sh''​.<​code>​   - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de ''​run.sh''​.<​code>​
 +#!/bin/bash
 #PBS -S /​bin/​bash ​               #PBS -S /​bin/​bash ​              
 +#PBS -V              ​
 #PBS -m ae                    ​ #PBS -m ae                    ​
 #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br ​     #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br ​    
 +#PBS -l walltime=6:​00:​00
 +cd $PBS_O_WORKDIR
  
-source /​home/​paulojus/​.bashrc +R CMD BATCH seu_programa.R </​code>​
-cd DIRETORIO_DE_TRABALHO +
-/​cluster/​sw/​R/​bin/​R CMD BATCH seu_programa.R </​code>​+
   - Submeter ao cluster <​code>​   - Submeter ao cluster <​code>​
-qsub run.sh </​code>​+ccad:​~> ​qsub run.sh </​code>​
   - Monitorar o progresso com<​code>​   - Monitorar o progresso com<​code>​
-qstat run.sh</​code>​+ccad:​~> ​qstat </​code>​
   - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<​code>​   - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<​code>​
-tail -f seu_programa.Rout+ccad:​~> ​tail -f seu_programa.Rout
 </​code>​ </​code>​
  
 +<​note>​Não esqueça de carregar o modulo do R  como descrito acima quando acessar a sua conta !!!</​note>​
  
-O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://​www.ccad.ufpr.br/​wiki/​index.php/​Submiss%C3%A3osubmissão ​e controle de processos em sua página]].\\+ 
 +O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://​www.ccad.ufpr.br/​wiki/​index.php/​Submiss%C3%A3o|submissão ​e controle de processos em sua página]].\\
 Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!!
 +
 +=== Tempo de processamento ===
 +
 +Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento.
 +No exemplo de arquivo ''​run.sh''​ acima já modificamos
 +este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo:
 +   #PBS -l walltime=6:​00:​00
 +Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade.
  
 === Pacotes do R === === Pacotes do R ===
-Pacotes adicionais podem ser instaldos ​em sua conta se desejado.+Pacotes adicionais podem ser instalados ​em sua conta se desejado.
 Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ.
-Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo ​''​.Rprofile''​: +O módulo do R (''​mod_R''​) faz este direcionamento. ​ 
-  > .libPaths("/​home/​paulojus/​.Rlibs"​)+  > .libPaths("/​home/​paulojus/​Rlibs"​)
  
 Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ. Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ.
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