====== Compilando o R do arquivo fonte ======

O programa [[http://www.r-project.org|R]] pode ser instalado de diversas maneiras e dependendo da plataforma/sistema operacional.
O manual [[http://cran.r-project.org/manuals.html|R Installation and Administration]] descreve em detalhes os procedimentos de instalação.
Aqui vamos disponibilizar um ''script'' para compilação e  instalação do R.

Há dois tipos básicos de instalação:
  - Instalando a partir de arquivos binários pré-compilados
  - compilar a partir do arquivo fonte do R

A primeira forma é mais simples e adequada para instalações rápidas e ágeis.
Para cada plataforma/sistema operacional existem instruções específicas.

A segunda forma é adequada para instalações otimizadas e personalizadas.
O  manual descreve os detalhes deste procedimento.

Disponibilizamos aqui um {{:dicas:rpatch.zip|Script para compilar o R da fonte}} adequado para distribuições linux que utilizam o mecanismo aptitude (ou apt) como Debian, Ubuntu, Mint e similares
Os passos são:
  - baixar o {{:dicas:rpatch.zip|script para compilar o R da fonte}}
  - descompactar com <code>
$ unzip rpatch.zip </code>
  - tornar o arquivo executável <code>
$ chmod +x Rpatch.sh </code>
  - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code>
Rver=2-15 </code>
  - ver as opções com <code>
$ sudo ./Rpatch.sh --help</code>
  - rodar com as opções desejadas, por exemplo, <code>
$ sudo ./Rpatch.sh --deps --install </code>

Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<code>
aptitude install ncftp acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \
latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick 

aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc maxima maxima-doc maxima-share src2tex yacas \
wxmaxima xmaxima yacas yacas-doc open-axiom open-axiom-databases open-axiom-graphics open-axiom-graphics-data \
open-axiom-hypertex open-axiom-hypertex-data open-axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \
grace writer2latex openoffice.org-writer2latex  latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \
ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev 

aptitude install freeglut3 freeglut3-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev libice-dev \
libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \
mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \
x11proto-xext-dev xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl
</code>

== Sobre compilação e pacotes ==

R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney's byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by
a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much
smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile)

  export R_COMPILE_PKGS=1

then all packages will byte-compile when installed. If you set

  export R_ENABLE_JIT=3

then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they
are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\
It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled.

R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket
cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the
information to the snow package.