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paulojus criada
dicas:r-compila [2012/06/27 11:11] (atual)
paulojus
Linha 5: Linha 5:
 Aqui vamos disponibilizar um ''​script''​ para compilação e  instalação do R. Aqui vamos disponibilizar um ''​script''​ para compilação e  instalação do R.
  
-Basicamente há dois tipos básicos de instalação:​+Há dois tipos básicos de instalação:​
   - Instalando a partir de arquivos binários pré-compilados   - Instalando a partir de arquivos binários pré-compilados
   - compilar a partir do arquivo fonte do R   - compilar a partir do arquivo fonte do R
Linha 21: Linha 21:
 $ unzip rpatch.zip </​code>​ $ unzip rpatch.zip </​code>​
   - tornar o arquivo executável <​code>​   - tornar o arquivo executável <​code>​
-$ chmod Rpatch.sh </​code>​+$ chmod +x Rpatch.sh </​code>​
   - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <​code>​   - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <​code>​
-Rver=2-10 </​code>​+Rver=2-15 </​code>​
   - ver as opções com <​code>​   - ver as opções com <​code>​
 $ sudo ./Rpatch.sh --help</​code>​ $ sudo ./Rpatch.sh --help</​code>​
   - rodar com as opções desejadas, por exemplo, <​code>​   - rodar com as opções desejadas, por exemplo, <​code>​
-$ sudo ./Rpatch --deps --install </​code>​+$ sudo ./Rpatch.sh --deps --install </​code>​ 
 + 
 +Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<​code>​ 
 +aptitude install ncftp acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \ 
 +latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick  
 + 
 +aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc maxima maxima-doc maxima-share src2tex yacas \ 
 +wxmaxima xmaxima yacas yacas-doc open-axiom open-axiom-databases open-axiom-graphics open-axiom-graphics-data \ 
 +open-axiom-hypertex open-axiom-hypertex-data open-axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \ 
 +grace writer2latex openoffice.org-writer2latex ​ latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \ 
 +ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev  
 + 
 +aptitude install freeglut3 freeglut3-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev libice-dev \ 
 +libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ 
 +mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ 
 +x11proto-xext-dev xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl 
 +</​code>​ 
 + 
 +== Sobre compilação e pacotes == 
 + 
 +R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney'​s byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by 
 +a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much 
 +smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile) 
 + 
 +  export R_COMPILE_PKGS=1 
 + 
 +then all packages will byte-compile when installed. If you set 
 + 
 +  export R_ENABLE_JIT=3 
 + 
 +then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they 
 +are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\ 
 +It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled. 
 + 
 +R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket 
 +cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the 
 +information to the snow package.
  
  

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