Efeito da biomassa e sobrenadante de Bacillus alcalophilus na germinação de conídios de Colletotrichum spp.
Autores
Prof. Dr. Walmes Zeviani
Débora Petermann
1 Sobre o experimento
Introdução
Este estudo se concentrou em avaliar o efeito de diferentes tempos de cultivo (24 ou 48 horas) da bactéria Bacillus alcalophilus e a separação da biomassa e do sobrenadante dessa bactéria na germinação de conídios de duas espécies de fungos: Colletotrichum nymphaeae e Colletotrichum chrysophilum, ambas sensíveis e com sensibilidade reduzida a fungicidas. A variável resposta foi o diâmetro das colônias de fungos, expresso em milímetros.
Materiais e Métodos
Os experimentos 1 e 2 foram conduzidos no Laboratório de Epidemiologia para o Manejo Integrado de Doenças de Plantas (LEMID) pela aluna de mestrado Débora Petermann, sob a orientação da professora doutora Louise Larissa May De Mio.
Experimento 1:
Data de montagem: 17 de setembro de 2019
Data de avaliação: 24 de setembro de 2019
Experimento 2:
Data de montagem: 17 de setembro de 2019
Data de avaliação: 24 de setembro de 2019
Os experimentos foram conduzidos em um delineamento inteiramente casualizado (DIC) com 5 tratamentos e 4 isolados, totalizando 20 combinações experimentais, cada uma com 5 repetições. Os tratamentos utilizados foram:
(24SBa) Sobrenadante da bactéria B. alcalophilus cultivada no laboratório por 24 horas;
(24BBa) Biomassa da bactéria B. alcalophilus cultivada no laboratório por 24 horas;
(48SBa) Sobrenadante da bactéria B. alcalophilus cultivada no laboratório por 48 horas;
(48BBa) Biomassa da bactéria B. alcalophilus cultivada no laboratório por 48 horas;
(Controle) Testemunha composta por água esterilizada.
Os isolados utilizados foram:
MdCn-CA32M: C. nymphaeae sensível a fungicidas;
MdCn-179: C. nymphaeae sensibilidade reduzida a fungicidas;
MdCc-Col33: C. chrysophillum sensível a fungicidas;
MdCc-134: C. chrysophillum sensibilidade reduzida a fungicidas.
Análise Estatística
O objetivo da análise estatística é realizar uma análise fatorial, onde um dos fatores é composto pelos tratamentos (os 5) e o segundo fator pelos isolados. No entanto, a análise se concentra na comparação entre os dois isolados de C. nymphaeae (sensível e sensibilidade reduzida) e os dois isolados de C. chrysophilum (sensível e sensibilidade reduzida). Além disso, os experimentos 1 e 2 serão analisados separadamente.
O crescimento apresentou vários zeros indicando que não houve germinação. Para contornar o muito provável afastamento dos pressupostos decorrente do excesso de valores iguais a zero, optou-se por cortar os valores em classe e análisar como resposta de sobreviência, ainda mantendo a suposição de distribuição normal. Dessa maneira, valores iguais a zero ou muito próximo de, que caírem na primeira classe, serão considerados censuras intervalares. Valores positivos que estiverem além da primeira classe, não serão considerados censurados. Para amplitude de classe considerou-se 2.5 mm.
Ao final, pode-se apresentar as médias amostrais de diâmetro ao lado das estimativas obtidas com o modelo de sobreviência.
2 Análise de dados
Código
#-----------------------------------------------------------------------# Pacotes.# options(warn = -1)library(car)library(emmeans)library(survival)library(tidyverse)#-----------------------------------------------------------------------# Importação e preparo.# Importação.tb <- readxl::read_excel("analises_artigo_mestrado.xlsx",sheet ="Tcc-germ")# Nomes em caixa baixa.tb <- tb |>rename_with(tolower) |>rename("diameter"="colony diameter (mm)")str(tb)
# Alguns erros de digitação da `specie` precisam ser corrigidos.tb_fix <- tb |>count(isolated, species, phenotype, sort =TRUE) |>slice_head(n =4)# Corrigindo valores de `specie` e `phenotype` para `isolated`.tb <- tb |>select(-species, -phenotype) |>left_join(tb_fix[, 1:3], by ="isolated")# Variáveis `specie` e `phenotype` são características do isolado.tb |>count(isolated, species, phenotype, sort =TRUE)
# A tibble: 4 × 4
isolated species phenotype n
<chr> <chr> <chr> <int>
1 MdCc-Col134 C. chrysophillum Reduced sensitivity 50
2 MdCc-Col33 C. chrysophillum Sensitive 50
3 MdCn-179 C. nymphaeae Reduced sensitivity 50
4 MdCn-CA32M C. nymphaeae Sensitive 50
Código
# Variável `experiment` é a repetição do experimento.tb |>xtabs(formula =~treatment + experiment)
# Algumas combinações experimentais tem todas as repetições com zero de# crescimento micelial. Isso corresponde a problemas com pressupostos.# Seria interessante cortar em classes de crescimento micelial e# analisar como uma resposta de sobreviência.# Faça um histograma da variável `diameter` por `experiment`.ggplot(data = tb,aes(x = diameter)) +facet_wrap(facets =~experiment, ncol =1) +geom_histogram(binwidth =2.5, color ="black") +geom_rug()
Código
#-----------------------------------------------------------------------# Corta a resposta em classe.# Cortar a resposta em classes.binwidth <-2.5breaks <-seq(from =0,to =max(tb$diameter) + binwidth,by = binwidth)tb$diameter_class <-cut(tb$diameter,breaks = breaks,include.lowest =TRUE)# Separar valores para criar os limites do intervalo.tb <- tb |>mutate(newvalue =as.character(diameter_class),newvalue =trimws(str_replace_all(newvalue,pattern ="[\\[(\\]]",replacement =" "))) |>separate(newvalue,into =c("left", "right"),sep =",",convert =TRUE)# IMPORTANT: Aqui foi feito censura intervalar para a primeira classe# que é o intervalo que contém o 0. Valores positivos que cairam nas# demais classes são declarados com eventos sem censura.# `i` indica se é a classe que contém o 0 ou não.tb <- tb |>mutate(i = diameter_class ==levels(diameter_class)[1],status =ifelse(i, yes =3, no =1),right =ifelse(i, yes = right, no = diameter),left =ifelse(i, yes = left, no = diameter))
