Como cria-se um arquivo .Rmd?

No RStudio, crie um arquivo R Markdown ou Knit HTML. O programa irá abrir uma janela solicitando algunas informações que o usuário irá definir.

Quando você clica no botão Knit HTML (ou utiliza o equivalente atalho, Ctrl + Shift + K) um documento será gerado, com conteúdo de texto e de códigos de análise feitos no ambiente R.

Se você não estiver utilizando o R Studio, você pode compilar o seu arquivo através da seguinte linha de comando,

rmarkdown::render("nomedoarquivo.Rmd")

Ir para a seção de como colocar links e hiperlinks

Após criar o arquivo .Rmd, o que aparecerá na página?

Este é um documento R Markdown. Markdown é uma sintax de formatação simples para autoria de documentos HTML, PDF, e MS Word. Para maiores detalhes sobre o uso do R Markdown veja http://rmarkdown.rstudio.com.

# Resumo do conjunto de dados cars do pacote datasets
summary(cars)
     speed           dist    
 Min.   : 4.0   Min.   :  2  
 1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26  
 Median :15.0   Median : 36  
 Mean   :15.4   Mean   : 43  
 3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56  
 Max.   :25.0   Max.   :120

Você pode incluir gráficos também, por exemplo:

plot(cars)

plot of chunk plot-cars

Como cria-se um chunk?

Chunk é o ambiente onde você especificará os códigos em R os quais você deseja executar.

No arquivo R Markdown, inicia-se um chunk com três crases seguidas da abertura e fechamento de chaves e encerra-os com mais três crases. Para nomear um chunk, dentro das chaves, coloca-se r seguido do nome desejado, ainda, é possível inserir outras configurações. Caso não se lembre de todas, aperte a tecla Tab e aguarde, o RStudio lhe listará algumas opções de configurações.

Dentre elas há opções de figuras, opções para não aparecer mensagens de warning, erros, etc.

Como colocar títulos e subtítulos, mudar o tamanho da letra do texto, fazer itens, enfatizar palavras/frases com itálico, negrito e também as taxar?

Títulos e subtítulos

Para criar títulos e subtítulos temos três possíveis opções.

  1. Antes do título ou subtítulo podemos inserir uma cerquilha (#).

  2. Na linha seguinte podemos inserir um sinal de igualdade (=).

  3. Na linha seguinte podemos inserir um traço (-).

Para estas duas últimas opções é necessário que estes sinais estejam sozinhos na linha utilizada. Em ambas as três, conforme for aumentando o número de caracteres inseridos, a fonte empregada (#, =, -) diminuirá de tamanho, ou seja, recomenda-se utilizar apenas um caracter para títulos, dois para subtítulos e assim sucessivamente.

Tamanho da fonte do texto

O tamanho da fonte de texto pode ser alterada da seguinte maneira (comandos da linguagem em HTML):

* <small> Tamanho de fonte pequena; </small>
* <big> Tamanho de fonte grande. </big>
  • Tamanho de fonte pequena;
  • Tamanho de fonte grande.

Criar itens

Para criar uma lista basta iniciar cada item com um asterisco (*). Se o que se deseja é uma lista numerada basta iniciar cada item com um número (1,2,3,…) seguido de um ponto (.) ou um parênteses ( ( ) ). Ainda, se há o interesse de destacar uma palavra e, logo em seguida, dar a definição dela, inicia-se a definição com dois pontos (:), que corresponderá em uma indentação da frase:

Exemplo 1:
:   Utilizei dois pontos para começar esta linha
Exemplo 2:
:   Idem.
Exemplo 1:
Utilizei dois pontos para começar esta linha
Exemplo 2:
Idem.
  • Usei um asterico para iniciar esta linha.
  • Idem.
  1. Usei 1) para iniciar esta linha.
  1. Usei 2. para iniciar esta linha.
  1. Segue o raciocínio para demais linhas.

Se você deseja listar alguns itens dentro de um item, seja ele iniciado com (*) ou com um número, você apenas precisa dar dois Tab’s na linha seguinte e iniciar o item com um sinal de adição, subtração ou um asterisco, (+,-,*), além de também poder usar um número seguido de um ponto ou um fechamento de parênteses, ( . , ) ), como segue:

* Item 1
    + Item 1.1
 
2. Item 2
    - Item 2.1
 
3) Item 3
    * Item 3.1
    2. Item 3.2
    3) Item 3.3
  • Item 1
    • Item 1.1
  1. Item 2
    • Item 2.1
  1. Item 3
    • Item 3.1
    1. Item 3.2
    1. Item 3.3

Ênfase em palavras

Para destacar palavras e ou frases em itálico basta colocá-las entre asteriscos (*), *modelo*, ou entre caracteres underline (_), modelo. Para destacá-las em negrito basta colocá-las entre dois asteriscos ou entre dois caracteres underline e para destacá-las em itálico e negrito basta colocá-las entre três asteriscos ou entre três caracteres underline, abaixo temos alguns exemplos.

*Frase em itálico.*

_Frase em itálico._

**Frase em negrito.**

__Frase em negrito.__

***Frase em itálico e negrito.***

___Frase em itálico e negrito.___

Frase em itálico.

Frase em itálico.

Frase em negrito.

Frase em negrito.

Frase em itálico e negrito.

Frase em itálico e negrito.

Para dar ênfase em alguma palavra ou frase basta colocá-la entre crases, `Frase entre 2 crases` => Frase entre 2 crases.

Quando deseja-se fixar algum caractere, ou seja, que a formatação designada pelo caractere não seja aplicada, coloque uma barra invertida antes do mesmo.

\*modelo\*

Taxar palavras e/ou frases

Para taxar palavras ou frases basta usar dois tils (~) antes e dois depois da(s) mesma(s), abaixo temos dois exemplos.

~~Taxada~~;

~~Frase taxada~~.

Taxada;

Frase taxada.

Como coloca-se links e hiperlinks?

Como coloca-se customização lateral, caixa e delimitador de textos?

Geralmente utilizado para fazer resumo ou dar ênfase/destaque em algum parágrafo de interesse. Inicia-se a frase sempre com o caractere > .

Bloco feito com vários til's (~).
Pode-se fazer este bloco iniciando e finalizando com apenas três til's seguidos
(mínimo possível).
Bloco feito com várias crases (`).  
Pode-se fazer este bloco iniciando e finalizando com apenas três crases (`)
seguidas (mínimo possível).

Pode-se inserir um linha horizontal no documento por meio de três asteriscos seguidos (***), veja a seguinte linha cinza:

Como coloca-se notas de rodapé?

Para inserir notas de rodapé basta colocar no final da frase ou parágrafo, entre colchetes ([]), o número do rodapé (1,2,3…) precedido de um acento cincunflexo (^), (^1), por exemplo.

O original não se desoriginaliza! O original não se desoriginaliza! O original não se desoriginaliza! Se desoriginalizásemo-lo original não seria! 1

Como utiliza-se comandos do R, in line, no texto?

Ao invés de usar o  comando \Sexpr{} (comando utilizado em Latex) para somar 1 + 1, no R Markdown, você fará a conta entre duas 
crases, inserindo a expressão matemática ou codigo R após a letra r, veja o resultado \` r 1 + 1 \` que resulta em 2.

Repare que o comando para tornar o texto itálico, *in line*, não é executado dentro da caixa.

Como utiliza-se comandos do Latex no arquivo R Markdown (equações matemáticas)?

$ equation $ para equações in line;
$$ equation $$ para equações centralizadas;
$$ \begin{aligned} equation  \end{aligned} $$ para equações com mais de uma linha;
$$ \begin{align} equation \end{align} $$ para equações com mais de uma linha.

Apenas para mostrar que funciona, temos a seguir uma equação feita com 
$$ \begin{align} ... \end{align} $$.

\[ \begin{align*} P(N_t = k) & = \sum_{m=0}^\infty \binom{m+k}{k} \alpha^k (1 - \alpha)^m e^{-\lambda t} \frac{(\lambda t)^{m+k}}{(m+k)!} \\ & = e^{-\lambda t} \sum_{m=0}^\infty \frac{(m+k)!}{k! m!} \alpha^k (1 - \alpha)^m \frac{(\lambda t)^{m+k}}{(m+k)!} = e^{-\lambda t} \sum_{m=0}^\infty \frac{1}{k! m!} \alpha^k (1 - \alpha)^m (\lambda t)^{m+k} \\ & = \frac{\alpha^k (\lambda t)^k}{k!} e^{-\lambda t} \sum_{m=0}^\infty \frac{(1 - \alpha)^m (\lambda t)^m}{m!}. \end{align*} \]

Nem todos os ambientes matemáticos do LateX são aceitos em Markdown, contudo, com as ambientes acima mostrados já é possível elaborar uma infinidade de equações.

No site Codecogs pode-se elaborar sua equação com o auxílio do menu superior existente, e apenas copiar a sintaxe da sua equação e colar em seu documento .Rmd.

Como coloca-se tabelas?

Nome Idade Curso
João 29 Estatística
Maria 47 Nutrição
Pedro 32 Matemática
Nome da função Descrição
help() Mostra a janela de ajuda.
getwd() Mostra o diretório que está sendo utilizado.
Nome da função Descrição
help() Mostra a janela de ajuda.
getwd() Mostra o diretório que está sendo utilizado.
Nome da função Descrição
help() Mostra a janela de ajuda.
getwd() Mostra o diretório que está sendo utilizado.
Nome da função Descrição
help() Mostra a janela de ajuda.
getwd() Mostra o diretório que está sendo utilizado.

Como coloca-se figuras / imagens externas?

Para colocar figuras basta inserir o seu nome em uma linha de código da seguinte maneira:

![nome_figura](fig-aula03/nome_figura.png)

## A imagem não precisa necessariamente ter a extensão .png.

ou

![nome_figura](fig-aula03/nome_figura.png "")

## O texto inserido no espaço entre aspas ("") é o texto que aparecerá quando o cursor do mouse passar por cima da figura.

ou

![nome_figura][nome_do_link]

[nome_do_link]: fig-aula03/nome_figura.png ""

## A segunda linha pode ser colocada em qualquer parte do documento, a figura será inserida onde a primeira linha de código 
estiver.

## Lembrando que esta sintaxe funciona também para imagens hospedadas em sites, basta inserir o seu respectivo endereço na web, 
por exemplo: http://octodex.github.com/images/dojocat.jpg ""

Onde fig-aula03 é a pasta criada no chunk de configurações do Knitr (chunk inicial). Por exemplo:

DedãodaVanessa

E em casos de erros de compilação?

Entre os diversos erros que podem ocorrer durante a compilação de seu documento, muitos deles podem ocorrer devido alguma das seguintes razões/motivos.

Exemplo de análise de dados utilizando o R Markdown

Estudo de caso Nº1 - Título para o estudo de caso Nº1

Resumo

Coloque aqui o texto que represente o resumo da sua análise. Dê o enfoque no contexto dos dados, nos precedimentos aplicados e os resultados obtidos. O texto do resumo tem que ter linhas que iniciam com o sinal sentencial de maior.

Contexto dos dados

Dê o contexto dos dados, a fonte, do que trata o problema, qual é a variável resposta e quais são as variáveis explicativas. Forneça as unidades de medidas e o link para os dados. Por exemplo, esse é o link para os dados do exercício Nº3 do livro do Montgomery.

Dados do exercício 11.3.

Na tabela cars, por exemplo, temos os dados de um experimento feito para avaliar a distância percorrida (ft) por um automóvel até parar em função da velocidade em que o mesmo se econtrava no momento do acionamento dos freios (mph). Foram realizados 50 registros. Note a referência da palavra cars com o link na seção Referências - Com isso podemos observar que podem ser feitos mais de um hiperlink (idêntico) para uma mesma parte específica do documento.

Análise exploratória

Conduza uma análise exploratória e descreva as impressões obtidas com a mesma. Considerando a tabela de dados cars do pacote datasets do R a análise exploratória poderia ser dada com um diagrama de dispersão das variáveis. Verifica-se no gráfico a seguir relação positiva entre as variáveis, possivelmente não linear e ainda uma leve relação média-variância.

## Definições da sessão.

require(lattice)
require(latticeExtra)
xyplot(dist ~ speed, type = c("p","smooth","g"),
       xlab = "Velocidade (mph)", ylab = "Distância (ft)", data = cars)

plot of chunk xyplot

Como os dados são fornecidos no diretório walmes/data/MontgomeryASPE5th/ então eles podem ser lidos diretamente através link de destino. Para dados de regressão linear múltipla pode-se usar o gráfico de pares como uma opção para análise exploratória.

## Lendo aquivo de dados, exercício 12.9 do Montgomery.
e1209 <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/MontgomeryASPE5th/Ex12.9.txt",
                    header = TRUE, sep = "\t")
str(e1209)
'data.frame':   20 obs. of  4 variables:
 $ x1: num  14.6 15.6 14.6 15 14.5 ...
 $ x2: num  226 220 217 220 226 ...
 $ x3: num  7 3.38 6.38 6 7.62 ...
 $ y : num  128.4 52.6 113.9 98 139.9 ...
## Ver em um gráfico de pares.
pairs(e1209)

plot of chunk pairs

Modelo estatístico

Descreva o modelo estatístico que é atribuido aos dados, por exemplo, o de regressão linear simples é

\[ Y|X \sim \text{Normal}(\beta_0 + \beta_1 x, \sigma^2) \]

em que \(Y\) é a distância, \(X\) é a matrix do modelo, \(\beta_0\) é o intercepto e \(\beta_1\) o coeficiente angular, no caso, associado ao efeito da velocidade (\(x\)). Mencione o método de estimação, que no caso, é mínimos quadrados ordinários.

Um modelo polinomial de segunda ordem seria

\[ Y|X \sim \text{Normal}(\beta_0 + \beta_1 x + \beta_2 x^2, \sigma^2). \]

Um modelo de regressão linear mútipla seria

\[ Y|X \sim \text{Normal}(\beta_0 + \beta_1 x_1 + \beta_2 x_2 + \beta_3 x_3, \sigma^2). \]

Ajuste e diagnóstico

Faça o ajuste do modelo aos dados e conduza a análise de diagnóstico. Explore os gráficos dos resíduos para verificar a qualidade dos pressupostos e no caso de haver fuga destes busque alternativas que ajudem na tomada de decisão no sentido de remediá-las. Pode-se considerar alterações na forma do modelo, a deleção de observações influentes e transformação nos dados. Como auxílio considere as medidas de influência (influence.measures()) e a transformação Box-Cox (MASS::boxcox()). Mantenha-se sempre descrevendo a análise em cada etapa até obter um modelo adequado para os dados. Não é necessário dar detalhes sobre as funções usadas, no sentido de descrever como como elas funcionam ou que argumentos pedem, como por exemplo, a lm(). No entanto, forneça comentários ao longo do código para orientar o leitor.

Inferência e interpretação

Com o modelo ajustado faça a interpretação dos parâmetros. Forneça medidas sobre o ajuste do modelo, como o coeficiente de determinação, e medidas sobre a incerteza com relação aos parâmetros, como erros-padrões e/ou intervalos de confiança (confint()). Por fim, represente a curva ajustada junto das observações com banda de confiança para os valores preditos.

Conclusões

Faça as conclusões. Preocupe-se em responder as perguntas/hipóteses estabelecidas na descrição dos dados e descrição do modelo.

Estudo de caso Nº2 - Título para o estudo de caso Nº2

Proceda da mesma forma que no Estudo de caso Nº1. Inclua todas as sessões, inclusive a de resumo.

Alguns sites úteis

Como subir arquivos para a página de Discussão?

Todos os trabalhos realizados devem ser postados na página da disciplina. A seguir temos um link detalhado mostrando passo-a-passo como fazer upload de arquivos no site Data File Host e como postá-los na página da disciplina. Lembrando que outra forma de submeter os trabalhos para avaliação é enviar o link público de seu Dropbox contendo o arquivo desejado para a página de Discussão.

  1. Trava língua.↩