3 Validação temporal - caso MSC

Os dados da msc são codificados atribuido-se o código 1 à planta que inicia a doença, código 2 à planta com estado avançado da doença e 3 à planta morta. Até o momento é assumido que a planta não regride no estado da doença, então pode-se verificar a ocorrência de erros na seqüência temporal dos dados. Dessa forma, não deve ocorrer seqüências do tipo 00001000111122223, 000111211122223 ou 000011001112223.

No primeiro caso, é mais provável que na quinta avaliação a planta ainda estivesse sadia, pois nas três avaliações seguintes a planta estava saudável. No segundo caso, é mais provável que na sétima avaliação a planta estivesse ainda no estado inicial da doença. Assim, a metodologia adotada de correção de inconsistências nas seqüências temporais de códigos, compara o número de avaliações em que houve inconsistência, com o número de avaliações seguintes à essas avaliações. No caso de empate, terceiro caso, optou-se por considerar que a o agravamento do estado da planta relmente ocorreu nas avaliações cinco e seis e a inconsistência está na sétima e oitava avaliações. Para corrigir essa inconsistência, pode-se utilizar a função validStatusMSC.citrus():

A função validStatusMSC(), detecta as plantas com erros na sequência temporal do progresso da doença, podendo ser corrigidos automaticamente (cor=TRUE) ou não (cor=FALSE), neste caso sendo apenas identificados e separado dos demais dados. Definindo o argumento cor=TRUE, os dados invalidos são mantidos separados no elemento invalids e as linhas de dados onde havia inconsistência são colocados os dados validados.

Efetuando a validação temporal:


  > g303 <- validStatusMSC.citrus(sg303, cor = TRUE)


  9  inconsistences in  25 evaluations of 945 plants.

Inspecionando o objeto:


  > g303


  Disease plant data in 25 evaluations of
  20 rows of plants and 48 plants in each row.


  > class(g303)


  [1] "citrus"  "geodata"


  > names(g303)


  [1] "coords"       "data"         "dates"        "n.subst.code"
  [5] "unselect"     "invalids"

Os dados, coordenadas e atributos, com seqüência temporal inválida, são mantidos no elemento invalids do objeto:


  > names(g303$inval)


  [1] "coords" "data"


  > g303$inv$dat


        Av1 Av2 Av3 Av4 Av5 Av6 Av7 Av8 Av9 Av10 Av11 Av12 Av13 Av14 Av15
   [1,]   0   0   0   0   0   0   1   1   1    1    1    1    1    3    1
   [2,]   0   0   0   0   0   1   0   0   1    1    1    1    1    1    1
   [3,]   0   0   0   0   0   1   0   0   0    0    1    1    1    1    1
   [4,]   0   0   0   0   0   0   0   0   0    1    0    0    1    1    1
   [5,]   0   0   0   0   0   0   0   0   0    1    1    0    0    0    1
   [6,]   0   0   0   0   0   1   1   2   1    1    1    1    1    1    1
   [7,]   1   0   3   3   3   3   3   3   3    3    3    3    3    3    3
   [8,]   0   1   0   2   2   2   2   2   2    2    2    2    2    2    2
   [9,]   0   0   2   2   2   2   0   0   0    0    0    0    0    0    0
        Av16 Av17 Av18 Av19 Av20 Av21 Av22 Av23 Av24 Av25
   [1,]    1    1    1    1    2    2    2    2    3    3
   [2,]    2    2    2    2    3    3    3    3    3    3
   [3,]    1    1    1    1    1    1    1    1    3    3
   [4,]    1    1    1    1    1    1    1    1    3    3
   [5,]    1    1    1    1    2    3    3    3    3    3
   [6,]    1    2    2    2    3    3    3    3    3    3
   [7,]    3    3    3    3    3    3    3    3    3    3
   [8,]    2    3    3    3    3    3    3    3    3    3
   [9,]    0    0    0    0    1    3    3    3    3    3