21 Usando o Sweave

21.1 O que é e por que adotar o Sweave

O Sweave é uma funcionalidade do R implementada por algumas funções do pacote tools que permite a edição ágil de documentos combinando o LATEXe o R.

Usando o Sweave o usuário pode ter comandos, saídas computacionais e/ou gráficos incluídos automaticamente no texto, sem a necessidade de fazer tal inclusão manualmente e passo a passo. Este macanismo também permite que o texto seja agilmente e automáticamente atualizado para qualquer mudança ou inclusão de dados e/ou nas análises, acelerando muito o processo de edição de textos.

Uma outra vantagem de extrema importância é a de que todo código usado para análise fica no arquivo texto (fonte) preservando a memória dos procedimentos usados e possibilitando a análise ser reproduzida e ou modificada facilmente e a qualquer tempo.

21.2 Usando o Sweave

Os passos básicos para uso do Sweave são:

1. Editar o arquivo .Rnw. Neste documento vamos supor que seu arquivo se chama foo.Rnw
2. Iniciar o R
3. Carregar o pacote tools com o comando:
     > require(tools)
     [1] TRUE
4. rodar a função Sweave() no seu documento com um comando do tipo: «eval=F» Sweave("foo.Rnw")

   Ao final destes passos, a função Sweave() irá imprimir uma mensagem na tela como a seguir dizendo que o documento foo.tex foi gerado.

   You can now run LaTeX on 'foo.tex'

   Caso outra mensagem que não esta apareça na tela algum problema deve ter ocorrido com o código R em seu documento. Leia a mensagem, identifique e corrija o erro e processe novamente com Sweave().

5. Compile e visualize o documento LATEX de forma usual.

21.3 Outras informações úteis para uso do Sweave

• O Sweave tem algumas dependências de outroas recursos no LATEX. No caso do LINUX certifique-se que voce tem os seguintes pacotes instalados: tetex-bin e tetex-extra. No Windows a instalação do MiKTeX deve prover as ferramentas necessárias.
• A página do Sweave contém o manual, artigos, exemplos, FAQ ("Frequantly asked questions") e informações adicionais.
• Versões mais recentes do R incorporaram o comando Sweave de tal forma que é possível processar o documento .Rnw para gerar o .tex diretamente da linha de comando do LINUX sem a necessidade de iniciar o R. Para isto basta digitar o comando a seguir na linha de comando do LINUX (ou o comando análogo em outros sistemas operacionais).

  R CMD Sweave foo.Rnw

• O mecanismo descrito anteriormente substitui uma versão anterior que recomendava o uso do script Sweave.sh que também permitia rodar o Sweave no seu documento .Rnw diretamente da linha de comando do LINUX, sem a necessidade de iniciar o R, bastando digitar:

  Sweave.sh foo.Rnw

  Note que para o comando acima funcionar o "script"Sweave.sh deve estar como arquivo executável e disponível no seu PATH.
  Alternativamente voce pode copiá-lo para o seu diretório de trabalho e rodar com:

  ./Sweave.sh foo.Rnw

  Este arquivo deve estar em formato executável e para assegurar isto no LINUX digita-se:

  chmod +x Sweave.sh

  O script Sweave.sh foi portanto substituído pelo comando R CMD Sweave, mas permanece de interesse caso deseje-se modificar para adaptar à alguma necessidade específica do usuário.

• Uma outra função útil é Stangle() que extrai o código R de um documento .Rnw. Por exemplo, rodando Stangle("foo.Rnw") vai ser gerado um arquivo foo.R que contém apenas o codigo R do arquivo.
• O arquivo sweave-site.el contém as instruções necessárias para fazer o Xemacs reconhecer arquivos .Rnw. Isto é muito útil na preparação dos documentos pois permite também que o código em R dentro dos chunks seja enviado para processamento no R.
• O Sweave for concebido por Frederich Leisch da Universidade Técnica de Viena e membro do R Core Team.

21.4 Exemplos de arquivos em Sweave

1. Um exemplo de um arquivo .Rnw.
2. Arquivo com o conteúdo da seção sobre distribuições de probabilidades deste material. Para compilar este exemplo voce poderá precisar copiar também os seguintes arquivos: Sweave.sty, Rd.stye upquote.sty,
3. Documento mostrando como obter tabelas estatísticas a partir do R.

21.5 Links

• Página do Sweave
• Texto sobre o Sweave por Fritz Leisch, o criador do Sweave
• Um tutotial em Espanhol
• Dicas de uso por Fernando Ferraz
• Dicas de uso por Fábio R. Mathias