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disciplinas:ce718 [2009/09/29 11:12] paulojus |
disciplinas:ce718 [2011/08/03 16:59] walmes [section 11] |
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Linha 1: | Linha 1: | ||
====== CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos ====== | ====== CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos ====== | ||
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+ | <note> | ||
+ | Arquivos/páginas serão atualizados durante o curso. | ||
+ | </note> | ||
===== Detalhes da oferta da disciplina ===== | ===== Detalhes da oferta da disciplina ===== | ||
- | - **Período:** terceiro trimestre de 2009, no programa [[http://www.cpgmne.ufpr.br|PGMNE]] (Pós Graduação em Métodos Numéricos em Engenharia) | + | - **Período:** segundo trimestre de 2011, no programa [[http://www.cpgmne.ufpr.br|PGMNE]] (Pós Graduação em Métodos Numéricos em Engenharia) |
- **Matrículas e informações:** com Maristela, na secretaria do PGMNE | - **Matrículas e informações:** com Maristela, na secretaria do PGMNE | ||
- **Professor Responsável:** [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]], ([[http://www.leg.ufpr.br|LEG: Laboratório de Estatística e Geoinformação]]) | - **Professor Responsável:** [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]], ([[http://www.leg.ufpr.br|LEG: Laboratório de Estatística e Geoinformação]]) | ||
- **Horários e Locais:** | - **Horários e Locais:** | ||
- | * As aulas serão no LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação | + | * As aulas serão no LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação) |
- | * Horário: Terças e Quintas, 16:00 às 18:00 | + | * Horário: Terças, 9:00 - 12:00 |
- | * **Atenção:** A primeira aula do curso na //terça, 29/09/2009//. | + | * **Atenção:** A primeira aula do curso na //terça, 31/05/2011//. |
- **Avaliação:** a ser definida | - **Avaliação:** a ser definida | ||
===== Programa da Disciplina ===== | ===== Programa da Disciplina ===== | ||
+ | |||
+ | ===== Material do Curso ===== | ||
+ | O material básico para o curso serão as seguinte notas. | ||
+ | * {{:projetos:mci:cimnotes.pdf|Notas para o curso}} | ||
+ | Entretanto vários materiais adicionais serão utilizados e/ou montados ao longo do curso. (ver na pagina do LEG a sessão de MCI) | ||
+ | * {{:disciplinas:ce718:cim_0.0.1.tar.gz|Pacote com códigos e dados}} das notas de aula | ||
+ | * [[projetos:mci|Coleção de Exemplos de Métodos Computacionalmente Intensivos]] (estes materiais foram produzidos em anos/estudos anteriores e deverão ser estudados, **corrigidos se necessário**, expandidos, discutidos, etc) | ||
+ | |||
+ | ==== Materiais relacionados ==== | ||
+ | * Os [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce709|materiais sobre verossimilhança e inferência]] podem ser úteis para consultas. De certa forma este curso de MCI via atacar problemas nos quais os métodos analíticos ou numéricos de inferência não são suficientes. | ||
===== Referências Bibliográficas ===== | ===== Referências Bibliográficas ===== | ||
- | ===== Material do Curso ===== | + | <bibtex> |
+ | @book{robert_introducing_2009, | ||
+ | edition = {1}, | ||
+ | title = {Introducing Monte Carlo Methods with R}, | ||
+ | isbn = {9781441915757}, | ||
+ | publisher = {Springer Verlag}, | ||
+ | author = {Christian P. Robert and George Casella}, | ||
+ | month = dec, | ||
+ | year = {2009} | ||
+ | }, | ||
- | __**ATENÇÃO:**__ arquivos/páginas poderão atualizados durante o curso. | + | @book{gamerman_markov_2006, |
+ | edition = {2}, | ||
+ | title = {Markov Chain Monte Carlo: Stochastic Simulation for Bayesian Inference, Second Edition}, | ||
+ | isbn = {1584885874}, | ||
+ | shorttitle = {Markov Chain Monte Carlo}, | ||
+ | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
+ | author = {Dani Gamerman and Hedibert F. Lopes}, | ||
+ | month = may, | ||
+ | year = {2006} | ||
+ | }, | ||
+ | @book{albert_bayesian_2009, | ||
+ | edition = {2nd ed.}, | ||
+ | title = {Bayesian Computation with R}, | ||
+ | isbn = {0387922970}, | ||
+ | publisher = {Springer}, | ||
+ | author = {Jim Albert}, | ||
+ | month = may, | ||
+ | year = {2009} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{gelman_bayesian_2003, | ||
+ | edition = {2}, | ||
+ | title = {Bayesian Data Analysis, Second Edition}, | ||
+ | isbn = {9781584883883}, | ||
+ | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
+ | author = {Andrew Gelman and John B. Carlin and Hal S. Stern and Donald B. Rubin}, | ||
+ | month = jul, | ||
+ | year = {2003} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{carlin_bayesian_2008, | ||
+ | edition = {3}, | ||
+ | title = {Bayesian Methods for Data Analysis, Third Edition}, | ||
+ | isbn = {1584886978}, | ||
+ | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
+ | author = {Bradley P. Carlin and Thomas A. Louis}, | ||
+ | month = jun, | ||
+ | year = {2008} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{robert_introducing_2009, | ||
+ | edition = {1}, | ||
+ | title = {Introducing Monte Carlo Methods with R}, | ||
+ | isbn = {9781441915757}, | ||
+ | publisher = {Springer Verlag}, | ||
+ | author = {Christian P. Robert and George Casella}, | ||
+ | month = dec, | ||
+ | year = {2009} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{gilks_markov_1995, | ||
+ | edition = {1}, | ||
+ | title = {Markov Chain Monte Carlo in Practice}, | ||
+ | isbn = {0412055511}, | ||
+ | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
+ | author = {{W.R.} Gilks and S. Richardson and David Spiegelhalter}, | ||
+ | month = dec, | ||
+ | year = {1995} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | @book{robert_monte_2004, | ||
+ | edition = {2nd}, | ||
+ | title = {Monte Carlo Statistical Methods}, | ||
+ | isbn = {0387212396}, | ||
+ | publisher = {Springer}, | ||
+ | author = {Christian Robert and George Casella}, | ||
+ | month = jul, | ||
+ | year = {2004} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{manly_randomization_2006, | ||
+ | edition = {3}, | ||
+ | title = {Randomization, Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology, Third Edition}, | ||
+ | isbn = {9781584885412}, | ||
+ | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
+ | author = {Bryan {F.J.} Manly}, | ||
+ | month = aug, | ||
+ | year = {2006} | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | |||
+ | @book{gentle_handbook_2004, | ||
+ | edition = {1}, | ||
+ | title = {Handbook of Computational Statistics}, | ||
+ | isbn = {3540404643}, | ||
+ | publisher = {Springer}, | ||
+ | author = {{J.E.} Gentle and Wolfgang {HSrdle}}, | ||
+ | month = aug, | ||
+ | year = {2004} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{kroese_handbook_2011, | ||
+ | edition = {1}, | ||
+ | title = {Handbook of Monte Carlo Methods}, | ||
+ | isbn = {9780470177938}, | ||
+ | publisher = {Wiley}, | ||
+ | author = {Dirk P. Kroese and Thomas Taimre and Zdravko I. Botev}, | ||
+ | month = mar, | ||
+ | year = {2011} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{suess_introduction_2010, | ||
+ | edition = {1st Edition.}, | ||
+ | title = {Introduction to Probability Simulation and Gibbs Sampling with R}, | ||
+ | isbn = {{038740273X}}, | ||
+ | publisher = {Springer}, | ||
+ | author = {Eric A. Suess and Bruce E. Trumbo}, | ||
+ | month = jun, | ||
+ | year = {2010} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{kalos_monte_2008, | ||
+ | edition = {2}, | ||
+ | title = {Monte Carlo Methods}, | ||
+ | isbn = {{352740760X}}, | ||
+ | publisher = {{Wiley-VCH}}, | ||
+ | author = {Malvin H. Kalos and Paula A. Whitlock}, | ||
+ | month = nov, | ||
+ | year = {2008} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{monahan_numerical_2011, | ||
+ | edition = {2}, | ||
+ | title = {Numerical Methods of Statistics}, | ||
+ | isbn = {0521139511}, | ||
+ | publisher = {Cambridge University Press}, | ||
+ | author = {John F. Monahan}, | ||
+ | month = apr, | ||
+ | year = {2011} | ||
+ | }, | ||
+ | |||
+ | @book{gentle_random_2003, | ||
+ | edition = {2nd}, | ||
+ | title = {Random Number Generation and Monte Carlo Methods}, | ||
+ | isbn = {0387001786}, | ||
+ | publisher = {Springer}, | ||
+ | author = {James E. Gentle}, | ||
+ | month = jun, | ||
+ | year = {2003} | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | </bibtex> | ||
===== Programas computacionais ===== | ===== Programas computacionais ===== | ||
Linha 25: | Linha 190: | ||
- [[http://www.r-project.org|The R project for Statistical Computing]]: página do programa **R** | - [[http://www.r-project.org|The R project for Statistical Computing]]: página do programa **R** | ||
- [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa|Um material sobre o uso do R]] | - [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa|Um material sobre o uso do R]] | ||
- | - pacotes do **R**: [[http://www.leg.ufpr.br/geoR|geoR]] e [[http://www.leg.ufpr.br/geoRglm|geoRglm]] | ||
* Recursos auxiliares | * Recursos auxiliares | ||
- Editor de texto <latex>\LaTeX</latex>: O [[http://www.miktex.org|MiKTeX]] disponibiliza arquivos de instalação para ambiente Windows | - Editor de texto <latex>\LaTeX</latex>: O [[http://www.miktex.org|MiKTeX]] disponibiliza arquivos de instalação para ambiente Windows | ||
Linha 33: | Linha 197: | ||
===== Histórico das aulas e atividades recomendadas ===== | ===== Histórico das aulas e atividades recomendadas ===== | ||
- | Veja aqui o [[disciplinas:ce718:historico2009|histórico das aulas]] do curso. | + | Veja aqui o [[disciplinas:ce718:historico2011|histórico das aulas]] do curso. |
===== Atividades do curso ===== | ===== Atividades do curso ===== | ||
- | [[disciplinas:ce718:atividades2009|Atividades dos participantes]] | + | [[disciplinas:ce718:atividades2011|Atividades dos participantes]] |
===== Espaço Aberto ===== | ===== Espaço Aberto ===== | ||
- | [[disciplinas:ce718:aberto2009|Página aberta]] para edição pelos participantes do curso. | + | [[disciplinas:ce718:aberto2011|Página aberta]] para edição pelos participantes do curso. |
+ | |||
+ | ===== Links ===== | ||
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+ | == Aproximação de Laplace == | ||
+ | * {{http://www.stats.ox.ac.uk/~steffen/teaching/bs2HT9/laplace.pdf|Laplace's Method of Integration - Steen Lauritzen}}; | ||
+ | * {{http://www.stanford.edu/~mch/harding-hausman-laplace.pdf|Using a Laplace Approximation to Estimate the Random Coefficients Logit Model by Non-linear Least Squares}}; | ||
+ | * {{http://www.cemmap.ac.uk/wps/cwp0601.pdf|USING A LAPLACE APPROXIMATION TO ESTIMATE THE RANDOM COEFFICIENTS LOGIT MODEL BY NON-LINEAR LEAST SQUARES}}; | ||
+ | * {{http://www.cs.berkeley.edu/~jordan/courses/260-spring10/lectures/lecture16.pdf|Laplace approximation review}}; | ||
+ | * {{http://www.cs.toronto.edu/~mackay/itprnn/ps/343.344.pdf|Laplace's Method}}; | ||
+ | * {{http://www.ece.rice.edu/~vc3/elec633/graphical_models_notes_091108.pdf|Laplace Approximation}}; | ||
+ | * {{http://galton.uchicago.edu/~pmcc/pubs/paper26.pdf|Laplace approximation of high dimensional integrals}}; | ||
+ | * {{http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63347/HTML/default/viewer.htm#statug_glimmix_a0000001432.htm|Maximum Likelihood Estimation Based on Laplace Approximation}}; | ||
+ | * {{http://statmath.wu.ac.at/research/talks/resources/MultIRT.pdf|Fitting Multidimensional Latent Variable Models using an Efficient Laplace Approximation}}; | ||
+ | * {{http://prin08.uniud.it/tl_files/prin08/upload/papers/2010_3.pdf|LAPLACE APPROXIMATION IN MEASUREMENT ERROR MODELS}}; | ||
+ | * {{http://www.unc.edu/~vangelis/files/sglmmlapl.pdf|Asymptotic inference for Spatial GLMM using high order Laplace approximation}}; | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/pss/1390617}}; | ||
+ | * {{http://digitalcommons.unl.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=1003&context=statisticsdiss&sei-redir=1#search=%22laplace%20approximation%20integral%22|FULLY EXPONENTIAL LAPLACE APPROXIMATION EM ALGORITHM FOR NONLINEAR MIXED EFFECTS MODELS}}; | ||
+ | * {{http://proquest.umi.com/pqdlink?Ver=1&Exp=07-02-2016&FMT=7&DID=1188875391&RQT=309&attempt=1&cfc=1|Applications of Laplace approximation for hierarchical generalized linear models in educational research}}; | ||
+ | * {{http://people.math.aau.dk/~rw/Undervisning/Topics/Handouts/6.hand.pdf|Computation of the likelihood function for GLMMs}}; | ||
+ | * {{http://www.ansci.wisc.edu/morota/beamer/computing.pdf|Computing: Generalized, Linear, and Mixed Models}}; | ||
+ | * {{http://jmlr.csail.mit.edu/papers/volume12/cseke11a/cseke11a.pdf|Approximate Marginals in Latent Gaussian Models}}; | ||
+ | * {{http://biowww.dfci.harvard.edu/~yili/spa1.pdf|Modeling Spatial Survival Data Using Semiparametric Frailty Models}}; | ||
+ | * {{http://actuaryzhang.com/seminar/topic5_mcmc.pdf|Markov Chain Monte Carlo Methods}}; | ||
+ | * 8-O{{http://dirk.eddelbuettel.com/blog/2011/07/05/#rcppeigen_introduction|Even faster linear model fits with R using RcppEigen}}; | ||
+ | * {{http://dirk.eddelbuettel.com/blog/2011/07/14/#rcpp_gibbs_example|MCMC and faster Gibbs Sampling using Rcpp}}; | ||
+ | * {{http://darrenjw.wordpress.com/2011/07/16/gibbs-sampler-in-various-languages-revisited|Gibbs sampler in various languages (revisited)}}; | ||
+ | |||
+ | == Cabeçalho de nível 5 == | ||
+ | * {{http://elsa.berkeley.edu/reprints/misc/understanding.pdf|Understanding the Metropolis-Hastings Algorithm}}; | ||
+ | * {{http://www.econ.upenn.edu/~jesusfv/LectureNotes_7_MH|Metropolis-Hasting Algorithm - Jesús Fernández-Villaverde}}; | ||
+ | * {{http://www.dme.ufrj.br/marina/MCMC.pdf| MCMC - Marina}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien1.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 1: Introduction - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien2.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 2: Transformation and Rejection - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien3.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 3: Importance Sampling - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien45.pdf|Monte Carlo Methods: Lectures 5 & 6: The Gibbs Sampler - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien6.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 7: The Metropolis-Hastings Algorithm - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien78.pdf|Monte Carlo Methods:: Lectures 9 & 10: Combining Kernels, Convergence Diagnostics - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/folien9.pdf|Monte Carlo Methods: Reversible Jump MCMC - Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.bris.ac.uk/~manpw/teaching/notes.pdf|Monte Carlo Methods - Lecture Notes - Edited by Nick Whiteley}}; | ||
+ | * {{http://www.icmc.usp.br/~ehlers/SME0809/praticas/node18.html|Algoritmo de Metropolis-Hastings}}; | ||
+ | * {{http://www.people.fas.harvard.edu/~plam/teaching/methods/mcmc/mcmc.pdf|MCMC Methods: Gibbs Sampling and the Metropolis-Hastings Algorithm - Patrick Lam}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.manchester.ac.uk/~pneal/CIS/CIS2007.html|Computationally Intensive Statistics 2010/2011}}; | ||
+ | * {{http://www.maths.manchester.ac.uk/~pneal/statscomp.html|Statistical Computing 2010/2011}}; | ||