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pessoais:eder [2011/05/31 20:11] eder [Codigos] |
pessoais:eder [2018/07/04 19:10] eder [section 5] |
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Linha 12: | Linha 12: | ||
* Estatística Espacial | * Estatística Espacial | ||
* [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/projetos:gem2|GEM²]] Grupo de estudos em modelos mistos | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/projetos:gem2|GEM²]] Grupo de estudos em modelos mistos | ||
+ | * {{:pessoais:inlarrblup.r|GWS}} Seleção Genômica Ampla Via ML REML INLA | ||
+ | * {{:pessoais:reml_inla.r|Script}} Modelo seleção Genótipo ambiente via REML ML INLA | ||
+ | * {{:pessoais:linearregression.rnw|Script}} Regressão Linear - inferência via Mínimos quadrados, ML, REML, Gibbs, Metropolis, INLA, dclone ... (Em construção) | ||
+ | * {{:pessoais:rjmcmc.r|RJMCMC}} Reversible Jump MCMC Regressão Linear | ||
+ | ===== Artigos de Interesse ===== | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030278835905|Simulation of Examine Distributions of Estimators of Variances and Ratios of Variances}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/3001853|Estimation of Variance and Covariance Components}} | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030291786013|C. R. Henderson: Contributions to Predicting Genetic Merit}} | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002203027584776X|Rapid Method for Computing the Inverse of a Relationship Matrix}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/2527669?seq=18|The Estimation of Environmental and Genetic Trends from Records Subject to Culling}} | ||
+ | * {{http://download.journals.elsevierhealth.com/pdfs/journals/0022-0302/PIIS002203027584776X.pdf|Rapid Method for Computing the Inverse of a Relationship Matrix}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/pss/2529339|A simple method for computing the inverse of a numerator relationship matrix used in prediction of breeding values}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/2529430?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=3&ttl=373&returnArticleService=showFullText|Best Linear Unbiased Estimation and Prediction under a Selection Model}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/2530609?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=5&ttl=373&returnArticleService=showFullText|Variance-Covariance Matrix of Estimators of Variances in Unweighted Means ANOVA}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/3001853?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=2&ttl=373&returnArticleService=showFullText| Estimation of Variance and Covariance Components}} | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Disciplinas 2011/1 ===== | ||
+ | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce210-2010-02|CE-210: Inferência estatística II]] | ||
+ | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce718|CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos]] | ||
+ | |||
===== Minicursos ===== | ===== Minicursos ===== | ||
* [[http://www.leg.ufpr.br/ragronomia|Estatística Experimental com Software R]] | * [[http://www.leg.ufpr.br/ragronomia|Estatística Experimental com Software R]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]] | + | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:planejamentofito|Planejamento de experimento PG Produção Vegetal UFPR]] |
- | ===== Codigos ===== | + | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]] II Reunião Paranaense Ciência do Solo |
+ | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:runicentro| Curso de Sofware R Analise Experimentos - UNICENTRO]] | ||
+ | ===== Códigos (Em construção) ===== | ||
<code R> | <code R> | ||
- | ###buf | + | ##------------------------------------------------------------------### |
- | buf <- function(n){ | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
- | ttt <- NULL | + | ### Regressão Beta |
- | ttt[1] <- 0 | + | ### pacote oficial |
- | x <- runif(n) | + | require(betareg) |
- | th <- runif(n,0,pi) | + | data("FoodExpenditure", package = "betareg") |
- | st <- sin(th) | + | fe_beta <- betareg(I(food/income) ~ income + persons , data = FoodExpenditure) |
- | for ( i in 1:n){ | + | summary(fe_beta) |
- | if(st[i]>x[i]){ | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
- | ttt[i+1] <- ttt[i]+1 | + | ### log vero da regressão beta com duas covariaveis, |
- | } | + | log.vero <- function(par,y,x1,x2){ |
- | else { | + | mu <- exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2))/(1+exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2)))##logit^-1 |
- | ttt[i+1] <- ttt[i] | + | ll <- sum(dbeta(y, mu* par[4], (1-mu)*par[4],log = TRUE)) |
- | }} | + | return(ll) |
- | if (ttt[n+1]>0){ | + | } |
- | plot((0:n)[ttt>0],2*(0:n)[ttt>0]/ttt[ttt>0],type='l',xlab='numero simulação',ylab='pi') | + | |
- | } | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
- | else{print('no sucesso')} | + | opt <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11,phi=35),log.vero,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income, |
- | abline(pi,0) | + | x1=FoodExpenditure$income, |
- | } | + | x2=FoodExpenditure$persons, |
- | + | hessian = TRUE, control=(list(fnscale=-1))) | |
- | buf(100000) | + | opt |
+ | opt$par | ||
+ | sqrt(-diag(solve(opt$hessian))) | ||
+ | summary(fe_beta) | ||
+ | ###-----------------------------------------------------------------### | ||
+ | log.veroP <- function(par,phi,y,x1,x2){ | ||
+ | mu <- exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2))/(1+exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2)))##logit^-1 | ||
+ | ll <- sum(dbeta(y, mu* phi, (1-mu)*phi,log = TRUE)) | ||
+ | return(ll) | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | opt <- grid.phi <- seq(20,60,l=150) | ||
+ | con <- 1 | ||
+ | for (i in grid.phi){ | ||
+ | opt[con] <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11),log.veroP,phi=i,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income, | ||
+ | x1=FoodExpenditure$income, | ||
+ | x2=FoodExpenditure$persons, | ||
+ | hessian = TRUE, control=(list(fnscale=-1)))$value | ||
+ | con <- con+1 | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | plot(grid.phi,2*(max(opt)-opt),type='l') | ||
+ | abline(h=3.84) | ||
- | ### MOnte carlo | ||
- | ### inversão de p | ||
</code> | </code> | ||
- | ===== Planejamento e Análise de experimentos ===== | + | [[http://www.ime.usp.br/~sferrari/beta.pdf|Regressão beta]] |
- | == Material Geral do curso== | + | |
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/CursoRFito.zip| Geral(Dados, Scripts...)]] | ||
- | == Revisão de Estatística Basica == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/RevisaoEstBasica.R| Script]] | ||
- | == Planejamento de Experimentos == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/PlaneAnaExp.pdf| Apresentação]] | ||
- | == Introdução ao R == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/IntroducaoR.R| Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Introdu%e7%e3o%20ao%20Software%20R.pdf| Apresentação]] | ||
- | == Delineamento Inteiramente ao Acaso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo%20dic.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo dic.xls|dados]] | ||
- | == Delineamento Blocos ao Acaso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo%20dba.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo dba.xls|dados]] | ||
- | == Esquema Fatorial == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/Fatorial.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/fatorial2x3.txt|dados]] | ||
- | == Parcelas Sub-divididas == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/Subdividida.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/subdividida.txt|dados]] | ||
- | == Regressão == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Regre.r|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Escoamento.txt|dados]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao.pdf|Apresentação]] | ||
- | == Script geral do curso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Material%20SNW/Script.pdf| pdf]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Script.R|Script]] | ||
- | |||