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--- pessoais:eder [2011/06/01 22:31]
eder [Codigos]
+++ pessoais:eder [2011/10/13 12:13]
eder [section 2]
@@ Linha 12: / Linha 12: @@
   *  Estatística Espacial
   * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/projetos:gem2|GEM²]] Grupo de estudos em modelos mistos
+  * {{:pessoais:inlarrblup.r|GWS}} Seleção Genômica Ampla Via ML REML INLA
+  * {{:pessoais:reml_inla.r|Script}} Modelo seleção Genótipo ambiente via REML ML INLA
+  * {{:pessoais:linearregression.rnw|Script}} Regressão Linear - inferência via Mínimos quadrados, ML, REML, Gibbs, Metropolis, INLA, dclone ... (Em construção)
+  * {{:pessoais:rjmcmc.r|RJMCMC}} Reversible Jump MCMC Regressão Linear
+===== Artigos de Interesse =====
+  * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030278835905|Simulation of Examine Distributions of Estimators of Variances and Ratios of Variances}}
+  * {{http://www.jstor.org/stable/3001853|Estimation of Variance and Covariance Components}}
+  * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030291786013|C. R. Henderson: Contributions to Predicting Genetic Merit}}
+  * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002203027584776X|Rapid Method for Computing the Inverse of a Relationship Matrix}}
+  * {{http://www.jstor.org/stable/2527669?seq=18|The Estimation of Environmental and Genetic Trends from Records Subject to Culling}}
+  * {{http://download.journals.elsevierhealth.com/pdfs/journals/0022-0302/PIIS002203027584776X.pdf|Rapid Method for Computing the Inverse of a Relationship Matrix}}
+  * {{http://www.jstor.org/pss/2529339|A simple method for computing the inverse of a numerator relationship matrix used in prediction of breeding values}}
+  * {{http://www.jstor.org/stable/2529430?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=3&ttl=373&returnArticleService=showFullText|Best Linear Unbiased Estimation and Prediction under a Selection Model}}
+  * {{http://www.jstor.org/stable/2530609?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=5&ttl=373&returnArticleService=showFullText|Variance-Covariance Matrix of Estimators of Variances in Unweighted Means ANOVA}}
+  * {{http://www.jstor.org/stable/3001853?&Search=yes&searchText=%22C.+R.+Henderson%22&list=hide&searchUri=%2Faction%2FdoBasicSearch%3FQuery%3Dau%253A%2522C.%2BR.%2BHenderson%2522%26wc%3Don&prevSearch=&item=2&ttl=373&returnArticleService=showFullText| Estimation of Variance and Covariance Components}}
+===== Disciplinas 2011/1 =====
+  * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce210-2010-02|CE-210: Inferência estatística II]]
+  * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce718|CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos]]
 ===== Minicursos =====
    * [[http://www.leg.ufpr.br/ragronomia|Estatística Experimental com Software R]]
-   * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]]
+   * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:planejamentofito|Planejamento de experimento PG Produção Vegetal UFPR]]
-===== Codigos =====
+   * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]] II Reunião Paranaense Ciência do Solo
+===== Códigos (Em construção) =====
 <code R>
-###buf
+##------------------------------------------------------------------###
-buf <- function(n){
+###-----------------------------------------------------------------###
-  ttt <- NULL
+### Regressão Beta
-  ttt[1] <- 0
-  x <- runif(n)
-  th <- runif(n,0,pi)
-  st <- sin(th)
-  for ( i in 1:n){
-    if(st[i]>x[i]){
-      ttt[i+1]  <- ttt[i]+1
-    }
-    else {
-      ttt[i+1] <- ttt[i]
-    }}
-    if (ttt[n+1]>0){
-      plot((0:n)[ttt>0],2*(0:n)[ttt>0]/ttt[ttt>0],type='l',xlab='numero simulação',ylab='pi')
-    }
-    else{print('no sucesso')}
-    abline(pi,0)
-    }
-  buf(100000)
-### MOnte carlo
-### inversão de p
-################################################################################
-### Regressão beta
-rm(list=ls())
-require(betareg)
-###----------------------------------------------------------###
 ### pacote oficial
+require(betareg)
 data("FoodExpenditure", package = "betareg")
 fe_beta <- betareg(I(food/income) ~ income + persons , data = FoodExpenditure)
 summary(fe_beta)
-###----------------------------------------------------------###
+###-----------------------------------------------------------------###
-### log vero
+### log vero da regressão beta com duas covariaveis,
-log.vero <- function(B0,B1,B2,phi,y,x1,x2){
+log.vero <- function(par,y,x1,x2){
-        mu <- exp((B0 + B1 * x1 + B2 * x2))/(1+exp((B0 + B1 * x1 + B2 * x2)))##logit^-1
+        mu <- exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2))/(1+exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2)))##logit^-1
-        ll  <- sum(dbeta(y, mu* phi, (1-mu)*phi,log = TRUE))
+        ll  <- sum(dbeta(y, mu* par[4], (1-mu)*par[4],log = TRUE))
         return(ll)
 }
-###----------------------------------------------------------###
-log.vero(-0.62,-0.12,0.11,35,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income,
+###-----------------------------------------------------------------###
-                                                        x1=FoodExpenditure$income,
+opt <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11,phi=35),log.vero,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income,
-                                                        x2=FoodExpenditure$persons)
-###----------------------------------------------------------###
-### B0 B1
-par.vals <- expand.grid(B0=seq(0,2,l=100),B1=seq(-1,1,l=100))
-logL <- apply(as.matrix(par.vals),1,log.vero,B2=0.11,phi=35,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income,
-                                                        x1=FoodExpenditure$income,
-                                                        x2=FoodExpenditure$persons)
-contour(unique(par.vals$B0),unique(par.vals$B1),matrix(logL,ncol=100))
-###----------------------------------------------------------###
-opt <- optim(c(-0.5,-0.12,0.11,35),logvero,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income,
                                                         x1=FoodExpenditure$income,
                                                         x2=FoodExpenditure$persons,
                                                         hessian = TRUE, control=(list(fnscale=-1)))
+opt
+opt$par
+sqrt(-diag(solve(opt$hessian)))
+summary(fe_beta)
+###-----------------------------------------------------------------###
+log.veroP <- function(par,phi,y,x1,x2){
+        mu <- exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2))/(1+exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2)))##logit^-1
+        ll  <- sum(dbeta(y, mu* phi, (1-mu)*phi,log = TRUE))
+        return(ll)
+}
+opt <- grid.phi <- seq(20,60,l=150)
+con <- 1
+for (i in grid.phi){
+  opt[con] <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11),log.veroP,phi=i,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income,
+                                                        x1=FoodExpenditure$income,
+                                                        x2=FoodExpenditure$persons,
+                                                        hessian = TRUE, control=(list(fnscale=-1)))$value
+  con <- con+1
+}
+plot(grid.phi,2*(max(opt)-opt),type='l')
+abline(h=3.84)
 </code>
 [[http://www.ime.usp.br/~sferrari/beta.pdf|Regressão beta]]
-===== Planejamento e Análise de experimentos =====
- == Material Geral do curso==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/CursoRFito.zip| Geral(Dados, Scripts...)]]
- == Revisão de Estatística Basica ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/RevisaoEstBasica.R| Script]]
- == Planejamento de Experimentos ==
-    *  [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/PlaneAnaExp.pdf| Apresentação]]
- == Introdução ao R ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/IntroducaoR.R| Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Introdu%e7%e3o%20ao%20Software%20R.pdf| Apresentação]]
- == Delineamento Inteiramente ao Acaso ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo%20dic.R|Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo dic.xls|dados]]
- == Delineamento Blocos ao Acaso ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo%20dba.R|Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo dba.xls|dados]]
- == Esquema Fatorial ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/Fatorial.R|Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/fatorial2x3.txt|dados]]
- == Parcelas Sub-divididas ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/Subdividida.R|Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/subdividida.txt|dados]]
- == Regressão ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Regre.r|Script]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Escoamento.txt|dados]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao.pdf|Apresentação]]
- == Script geral do curso ==
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Material%20SNW/Script.pdf| pdf]]
-    * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Script.R|Script]]

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