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pessoais:eder [2011/06/02 14:13] eder [section 4] |
pessoais:eder [2011/10/13 08:40] eder [section 2] |
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Linha 12: | Linha 12: | ||
* Estatística Espacial | * Estatística Espacial | ||
* [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/projetos:gem2|GEM²]] Grupo de estudos em modelos mistos | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/projetos:gem2|GEM²]] Grupo de estudos em modelos mistos | ||
+ | * {{:pessoais:inlarrblup.r|GWS}} Seleção Genômica Ampla Via ML REML INLA | ||
+ | * {{:pessoais:reml_inla.r|Script}} Modelo seleção Genótipo ambiente via REML ML INLA | ||
+ | * {{:pessoais:linearregression.rnw|Script}} Regressão Linear - inferência via Mínimos quadrados, ML, REML, Gibbs, Metropolis, INLA, dclone ... (Em construção) | ||
+ | * {{:pessoais:rjmcmc.r|RJMCMC}} Reversible Jump MCMC Regressão Linear | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030278835905|Simulation of Examine Distributions of Estimators of Variances and Ratios of Variances}} | ||
+ | * {{http://www.jstor.org/stable/3001853|Estimation of Variance and Covariance Components}} | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030291786013|C. R. Henderson: Contributions to Predicting Genetic Merit}} | ||
+ | * {{http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002203027584776X|aa}} | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Disciplinas 2011/1 ===== | ||
+ | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce210-2010-02|CE-210: Inferência estatística II]] | ||
+ | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce718|CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos]] | ||
+ | |||
===== Minicursos ===== | ===== Minicursos ===== | ||
* [[http://www.leg.ufpr.br/ragronomia|Estatística Experimental com Software R]] | * [[http://www.leg.ufpr.br/ragronomia|Estatística Experimental com Software R]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]] | + | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:planejamentofito|Planejamento de experimento PG Produção Vegetal UFPR]] |
- | ===== Codigos ===== | + | * [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:eder:exptempo| Análise de Experimentos de longa duração]] II Reunião Paranaense Ciência do Solo |
+ | ===== Códigos (Em construção) ===== | ||
<code R> | <code R> | ||
- | ###buf | + | ##------------------------------------------------------------------### |
- | buf <- function(n){ | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
- | ttt <- NULL | + | |
- | ttt[1] <- 0 | + | |
- | x <- runif(n) | + | |
- | th <- runif(n,0,pi) | + | |
- | st <- sin(th) | + | |
- | for ( i in 1:n){ | + | |
- | if(st[i]>x[i]){ | + | |
- | ttt[i+1] <- ttt[i]+1 | + | |
- | } | + | |
- | else { | + | |
- | ttt[i+1] <- ttt[i] | + | |
- | }} | + | |
- | if (ttt[n+1]>0){ | + | |
- | plot((0:n)[ttt>0],2*(0:n)[ttt>0]/ttt[ttt>0],type='l',xlab='numero simulação',ylab='pi') | + | |
- | } | + | |
- | else{print('no sucesso')} | + | |
- | abline(pi,0) | + | |
- | } | + | |
- | + | ||
- | buf(100000) | + | |
- | + | ||
- | ### MOnte carlo | + | |
- | ### inversão de p | + | |
- | ################################################################################ | + | |
- | ###----------------------------------------------------------### | + | |
### Regressão Beta | ### Regressão Beta | ||
### pacote oficial | ### pacote oficial | ||
Linha 51: | Linha 42: | ||
fe_beta <- betareg(I(food/income) ~ income + persons , data = FoodExpenditure) | fe_beta <- betareg(I(food/income) ~ income + persons , data = FoodExpenditure) | ||
summary(fe_beta) | summary(fe_beta) | ||
- | ###----------------------------------------------------------### | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
### log vero da regressão beta com duas covariaveis, | ### log vero da regressão beta com duas covariaveis, | ||
log.vero <- function(par,y,x1,x2){ | log.vero <- function(par,y,x1,x2){ | ||
Linha 58: | Linha 49: | ||
return(ll) | return(ll) | ||
} | } | ||
- | + | ||
- | ###----------------------------------------------------------### | + | ###-----------------------------------------------------------------### |
opt <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11,phi=35),log.vero,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income, | opt <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11,phi=35),log.vero,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income, | ||
x1=FoodExpenditure$income, | x1=FoodExpenditure$income, | ||
Linha 68: | Linha 59: | ||
sqrt(-diag(solve(opt$hessian))) | sqrt(-diag(solve(opt$hessian))) | ||
summary(fe_beta) | summary(fe_beta) | ||
+ | ###-----------------------------------------------------------------### | ||
+ | log.veroP <- function(par,phi,y,x1,x2){ | ||
+ | mu <- exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2))/(1+exp((par[1] + par[2] * x1 + par[3] * x2)))##logit^-1 | ||
+ | ll <- sum(dbeta(y, mu* phi, (1-mu)*phi,log = TRUE)) | ||
+ | return(ll) | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | opt <- grid.phi <- seq(20,60,l=150) | ||
+ | con <- 1 | ||
+ | for (i in grid.phi){ | ||
+ | opt[con] <- optim(c(B0=-0.5,B1=-0.51,B2=0.11),log.veroP,phi=i,y=FoodExpenditure$food/FoodExpenditure$income, | ||
+ | x1=FoodExpenditure$income, | ||
+ | x2=FoodExpenditure$persons, | ||
+ | hessian = TRUE, control=(list(fnscale=-1)))$value | ||
+ | con <- con+1 | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | plot(grid.phi,2*(max(opt)-opt),type='l') | ||
+ | abline(h=3.84) | ||
+ | |||
</code> | </code> | ||
+ | |||
[[http://www.ime.usp.br/~sferrari/beta.pdf|Regressão beta]] | [[http://www.ime.usp.br/~sferrari/beta.pdf|Regressão beta]] | ||
- | ===== Planejamento e Análise de experimentos ===== | ||
- | == Material Geral do curso== | ||
- | |||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/CursoRFito.zip| Geral(Dados, Scripts...)]] | ||
- | == Revisão de Estatística Basica == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/RevisaoEstBasica.R| Script]] | ||
- | == Planejamento de Experimentos == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/PlaneAnaExp.pdf| Apresentação]] | ||
- | == Introdução ao R == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/IntroducaoR.R| Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Introdu%e7%e3o%20ao%20Software%20R.pdf| Apresentação]] | ||
- | == Delineamento Inteiramente ao Acaso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo%20dic.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DIC/exemplo dic.xls|dados]] | ||
- | == Delineamento Blocos ao Acaso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo%20dba.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/DBA/exemplo dba.xls|dados]] | ||
- | == Esquema Fatorial == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/Fatorial.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Fatorial/fatorial2x3.txt|dados]] | ||
- | == Parcelas Sub-divididas == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/Subdividida.R|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/SubDividida/subdividida.txt|dados]] | ||
- | == Regressão == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Regre.r|Script]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao/Escoamento.txt|dados]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Regressao.pdf|Apresentação]] | ||
- | == Script geral do curso == | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Material%20SNW/Script.pdf| pdf]] | ||
- | * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/CursoRFito/Script.R|Script]] | ||
- | |||