pessoais:jcfaria - Wiki do LEG

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--- pessoais:jcfaria [2007/01/01 09:04]
jcfaria criada
+++ pessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25]
jcfaria
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-====== Página WIKI de José Cláudio Faria ======
+====== José Cláudio Faria ======
+{{  pessoais:i_in_the_beach_2007.png}}
+Eu na Praia do Sul de Ilhéus/BA, em janeiro de 2007, refletindo profundamente sobre estatística computacional e o R!!!
+Brincadeiras a parte...
+**1. Quem sou**
+- Engenheiro Agrônomo
+- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG
+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
+**2. O que tenho feito profissionalmente**
+- Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R:
+  - Editores:
+    - Tinn-R ([[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/]])
+    - Vim-R-plugin ([[http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628]])
+  - Pacotes:
+    - bpca ([[http://cran.r-project.org/web/packages/bpca/index.html]])
+    - TinnR ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TinnR/index.html]])
+    - fdth ([[http://cran.r-project.org/web/packages/fdth/index.html]])
+    - ScottKnott ([[http://cran.r-project.org/web/packages/ScottKnott/index.html]])
+    - TukeyC ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TukeyC/index.html]])
+**3. Sobre o R**
+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
+**4. Sobre o futuro**
+- Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
+- Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
 ===== Tinn-R =====
-[[http://sourceforge.net/projects/tinn-r|Tinn-R]] GUI/editor para o ambiente [[http://www.r-project.org/|R]].
+[[http://sourceforge.net/projects/tinn-r|Tinn-R]] GUI/Editor para o ambiente [[http://www.r-project.org/|R]] sob Windows.
+  * O Tinn-R é um programa de código aberto (sob GPL) desenvolvido em Object Pascal com a IDE Delphi_7 da Borland;
+  * Facilita o uso do interpretador R e aumenta a produtividade das análises e documentações;
+  * Possui, além dos recursos inerentes aos bons editores, ferramentas avançadas de conversão de formato de arquivos e compilação: [[http://txt2tags.sourceforge.net/|Txt2tags]], [[http://deplate.sourceforge.net/index.php|Deplate]], [[http://miktex.org/|Miktex]];
+  * Suporte ao [[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/FAQ.html|Sweave]];
+  * Permite interagir com o R em modo gráfico, o que aumenta a produtividade e facilita o uso, ao mesmo tempo em que estimula o aprendizado da linguagem R;
+  * Imagens:
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_01.png|}}
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_05.png|}}
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_06.png|}}
+===== Materiais sobre o R =====
+==== Scripts ====
+Todos os usuários estão automaticamente convidados a darem sugestões e alterarem contrutivamente todas as funções e scripts desta página. Solicito a gentileza de me enviar um [[joseclaudio.faria@terra.com.br | email]] comunicando as alterações.
+=== Introdução ao R ===
+Abrir no Tinn-R e executar linha por linha buscando entender cada passo:
+<code>
+#===============================================================================
+# Título: Introdução ao R - IR
+# Curso : Métodos estatísticos aplicados à produção vegetal
+# Autor : José Cláudio Faria/UESC/DCET
+# Data  : 15/12/06 18:39:16
+# Versão: v7 - com comentários - cc
+# Objetivos:
+#===============================================================================
+# a) Apresentar os recursos gráficos básicos do R
+# b) Documentação e ajuda
+# c) Funções elementares
+# d) Estruturas de dados
+# e) Operadores
+# f) Estruturas de controle de fluxo
+# g) Funções
+#===============================================================================
+#===============================================================================
+# Exemplos
+#===============================================================================
+demo()
+demo(package = .packages(all.available = TRUE))
+demo(graphics)  # Recursos gráficos genéricos
+                # Para teclar <Enter> to see next plot:
+                # é necessário que a tela esteja ativa
+demo(image)     # Recursos gráficos 2D
+demo(persp)     # Recursos gráficos 3D
+library(lattice)
+demo(lattice)   # Recursos gráficos
+demo(glm.vr)    # Método lineares generalizados
+demo(lm.glm)    # Lineares e lineares generalizados
+#===============================================================================
+# Documentação e ajuda
+#===============================================================================
+?round
+?'for'  # ou ?”for“
+?'[['   # ou ?”[[“
+apropos('stem')
+help.search('stem')
+help.start()     # ou menu 'Help/Html help
+vignette()       # documentos em pdf (dependente dos pacotes instalados)
+vignette('grid') # abre pdf relacionado ao pacote grid
+#===============================================================================
+# Algumas funções elementares
+#===============================================================================
+set.seed(25)
+x = round(runif(n = 20, min = 0, max = 10), digits = 2)
+x
+sort(x)
+min(x)
+max(x)
+median(x)    # mediana
+mean(x)      # média
+var(x)       # variância
+sd(x)        # desvio padrão (standard deviation)
+sqrt(var(x))
+sum(x)       # somatório
+length(x)    # número de elementos
+round(x, digits = 1)
+round(x)
+fivenum(x)   # Returns Tukey's five number summary (minimum, lower-hinge, median, upper-hinge, maximum)
+quantile(x)  # quantis
+quantile(x, c(0, .33, .66, 1))
+cummax(x)
+cummin(x)
+plot(x, sin(x/20))
+cor(x, sin(x/20))
+# Imprimir no console uma mensagem ou o valor de uma variável:
+print('Teste:')
+x = 10
+print(x)
+# Concatenação:
+cat('\nValor de x =', x); cat('\n')
+cat('\n\tValor de x =', x); cat('\n')
+#===============================================================================
+# Estruturas de dados: MUITO IMPORTANTE!!!
+#===============================================================================
+#===============
+# Vetores
+#===============
+# Algumas das diversas maneiras de defini-los:
+c(1, 2, 3, 4, 5)
+:6
+seq(1, 10, by = 1)
+seq(1, 2, length = 10)
+letters[1:5]
+LETTERS[1:5]
+# Algumas maneiras de recuperá-los:
+x = seq(1, 10, by = 1)
+x
+x[5:10]
+x[c(5, 7:10)]
+x[-(5:10)]
+x > 5
+x[x > 5]
+x[x < 6]
+# Dar nomes aos componentes de um vetor:
+names(x)
+names(x) = letters[1:length(x)]
+x
+x['b']
+c(a = 1, b = 5, c = 10)
+# Algumas operações básicas:
+set.seed(3)
+x = round(runif(5, 0, 10), d = 1)
+x
+x/2
+x*2
+x+10
+sort(x)
+rev(sort(x))
+set.seed(16)
+x = sample(1:5, 10, replace = T)
+x
+sort(x)
+unique(x)
+x = c(1, 3, 2, 8, 5)
+x
+o = order(x)
+o
+x
+x[o[1:3]]
+#===============
+# Matrizes
+#===============
+m = matrix(c(1, 2, 3, 4), nrow = 2)
+m
+m[1,2]
+# O produto matricial:
+x = matrix(c(6, 7), nrow = 2)
+x
+m %*% x
+# O determinante de uma matriz:
+det(m)
+# A transposta de uma matriz:
+t(m)
+# Uma matriz diagonal:
+diag(c(1,2))
+# A identidade da matriz:
+diag(1, 2)
+diag(rep(1, 2))
+diag(2)
+# Comandos cbind e o rbind para criar matrizes:
+cbind(c(1, 2), c(3, 4))
+rbind(c(1, 3), c(2, 4))
+# O traço de uma matriz:
+sum(diag(m))
+# A inversa de uma matriz :
+solve(m)
+solve(m, x)
+solve(m) %*% x
+# Autovalores:
+eigen(m)$values
+# Autovetores:
+eigen(m)$vectors
+# Certificar se a matriz é realmente diagonalisável:
+p = eigen(m)$vectors
+d = diag(eigen(m)$values)
+p %*% d %*% solve(p)
+#===============
+# Arrays
+#===============
+ar = array(letters[1:24], c(2,4,3))
+ar
+ar[1,1,1] # ar[linha, coluna, dimensão] -> ar(x, y, z)
+ar[1,1,2]
+ar[1,2,3]
+class(iris3)
+iris3
+#===============
+# Fatores
+#===============
+set.seed(218)
+x = factor(sample(c('a', 'b', 'c'), 5, replace = T))
+x
+l = c('d', 'e', 'f')
+l
+set.seed(17)
+x = factor(sample(l, 5, replace = T), levels = l)
+x
+levels(x)
+# Pode-se preferir uma tabela:
+table(x)
+# Se os valores estão de acordo com alguma razão, pode-se gerar níveis:
+gl(1, 4)
+gl(2, 4)
+gl(2, 4, labels = c(T, F))
+gl(2, 1, 8)
+gl(2, 1, 8, labels = c(T, F))
+# Pode fazer o produto cartesiano de dois fatores:
+x = gl(2, 4)
+x
+y = gl(2, 1, length = 8)
+y
+interaction(x, y)
+# O comando expand.grid é comparável (ele produz um frame), sendo muito útil para
+# geração de níveis de fatores para as matrizes provenientes de dados
+# experimentais:
+a   = c('a1', 'a2', 'a3')
+b   = c('b1', 'b2')
+c   = c('c1', 'c2')
+dad = expand.grid(a, b, c)
+names(dad) = c('A', 'B', 'C')
+dad
+#===============
+# Frames
+#===============
+n = 10
+set.seed(17)
+dF = data.frame(x = rnorm(n),
+                y = sample(c(T, F), n, replace = T))
+dF
+# O comando str informa (retorna) a estrutura de um objeto e a parte dos dados
+# que contém:
+str(dF)
+# Quando os objetos são armazenados, com sua própria ordem, o comando “unclass”
+# da ordem pode alterá-lo:
+n = 10
+set.seed(3)
+x = runif(n)
+x
+set.seed(19)
+y = 1 - 2 * x + rnorm(n)
+y
+r = lm(y ~ x)
+r
+str(r)
+r$coefficients
+r$residuals
+summary(r)
+# A informação summary sumariza um objeto (aqui, um frame, mas vai bem com
+# quase todos objetos):
+summary(dF)
+dF
+# Pode-se ter acesso aos dados das colunas de diversas maneiras:
+dF$x
+dF[,1]
+dF[['x']]
+dim(dF)
+names(dF)
+row.names(dF)
+# Ou pode-se mudar o nome das linhas ou das colunas:
+names(dF) = c('a', 'b')
+row.names(dF) = LETTERS[1:10]
+names(dF)
+row.names(dF)
+str(dF)
+# Pode-se ter acesso direto as colunas de um frame usando o comando attach().
+# Obs: Não deve esquecer-se de destacá-lo detach() quando terminar:
+data(faithful)
+str(faithful)
+attach(faithful)
+str(eruptions)
+detach()
+#===============
+# Listas
+#===============
+h = list()
+h[['foo']] = 1
+h[['bar']] = c('a', 'b', 'c')
+str(h)
+# Por exemplo, os parâmetros gráficos são armazenados em uma lista usada
+# como contagens de chopping:
+str(par())
+h[['bar']] = NULL
+str(h)
+#===============
+# Outros
+#===============
+# O comando split torna possível separar os dados de acordo com o valor
+# de um fator:
+n = 10
+nn = 100
+set.seed(21)
+g = factor(round(n * runif(n * nn)))
+x = rnorm(n * nn) + sqrt(as.numeric(g))
+xg = split(x, g)
+boxplot(xg, col = 'lavender', notch = TRUE, varwidth = TRUE)
+str(xg)
+# O comando apply torna possível aplicar uma função (para o exemplo, a média,
+# quais, etc..) a cada coluna (ou linha) de um frame (ou de uma matriz):
+options(digits = 4)
+set.seed(5)
+dF = data.frame(x = rnorm(20),
+                y = rnorm(20),
+                z = rnorm(20))
+dF
+apply(dF, 2, mean)
+apply(dF, 2, range)
+# Em dimensões mais elevadas:
+options(digits=2)
+set.seed(2)
+m = array(rnorm(10^3), dim = c(10, 10, 10))
+a = apply(m, 1, mean)
+a
+b = apply(m, c(1, 2), mean)
+b
+apply(b, 1, mean)
+# A função tapply permite reagrupar as observações de acordo com o valor dos
+# fatores e uma função (média, soma, etc..) para cada grupo obtido assim:
+tapply(1:20, gl(2, 10, 20), sum)
+by(1:20, gl(2, 10, 20), sum)
+# A função sapply aplica a cada elemento de uma lista (ou de um vetor, etc..) e
+# se possível retorna um vetor. A função lapply faz a mesma coisa, mas retorna
+# uma lista:
+x = list(a = rnorm(10),
+         b = runif(100),
+         c = rgamma(50, 1))
+lapply(x, sd)
+sapply(x, sd)
+#===============================================================================
+# Operadores
+#===============================================================================
+-5:7
+set.seed(3)
+x = floor(10*runif(10))
+x
+x[3]
+x[1:3]
+x[c(1, 2, 5)]
+# O operador $ é reservado para recuperar um elemento de uma lista ou frame:
+op = par()
+op$col
+op[['col']]
+a = 'col'
+op[[a]]
+# A atribuição é feita por <- ou =.
+x <- 1.17
+x
+y = c(1, 2, 3, 4)
+y
+# O produto de matrizes (% * %):
+A = matrix(c(1, 2, 3, 4), nr = 2, nc = 2)
+J = matrix(c(1, 0, 2, 1), nr = 2, nc = 2)
+A
+J
+J %x% A
+# O operador %o% é usado manufaturar tabelas da multiplicação
+# (chama a função exterior com a multiplicação):
+A = 1:5
+B = 11:15
+names(A) = A
+names(B) = B
+A %o% B
+# A divisão euclidiana é %/%, seu restante é %%
+%% 3
+%/% 3
+*3 + 1
+# A sociedade de uma 'unidade' é feita por %in%
+%in% 1:100
+.1 %in% 1:100
+# O operador ~ é usado descrever modelos (ANOVAS, métodos lineares, etc).
+# Falaremos sobre ele mais tarde.
+# Para mais detalhes (sobre os operadores negligenciados nestas notas)
+# consulte o manual:
+?'+'
+?'<'
+?'<-'
+?'!'
+?'['
+?Syntax
+?kronecker
+?match
+library(methods)
+?slot
+# Pode-se definir seus próprios operadores, pois são função diretas com dois
+# argumentos cujo nome começa e as extremidades em %. O seguinte exemplo são
+# tração do manual.
+'%w/o%' = function(x, y) x[!x %in% y]
+(1:10) %w/o% c(3,7,12)
+#===============================================================================
+# Estruturas de controle
+#===============================================================================
+set.seed(15)
+x = rnorm(10)
+x
+y = ifelse(x > 0, 1, -1)
+y
+z = ifelse(x > 0, 1, ifelse(x < 0, '< zero', 0))
+z
+#===============
+# Conexão:
+#===============
+set.seed(59)
+x = letters[floor(1 + runif(1, 0, 4))]
+x
+y = switch(x,
+           a='Bonjour',
+           b='Gutten Tag',
+           c='Hello',
+           d='Konnichi wa')
+y
+#===============
+# Loop for:
+#===============
+a = 0
+for (i in 1:20) {
+  a = i
+  if(a <= 5 ) {
+    cat('a = ', a, '(<= 5)'); cat('\n')
+    next
+  }
+  if(a == 18) {
+    cat('a = ', a, '(= 18)'); cat('\n')
+    break
+  }
+}
+#===============
+# Loop while:
+#===============
+a = 0
+while (a < 11) {
+  if (a >= 3) print(a)
+  else cat('não\n')
+  a = a + 1  # expressão avaliada..
+}
+#===============
+# Loop repeat:
+#===============
+a = 0
+repeat {
+  a = a + 1
+  if (a >= 3) print(a)
+  else cat('não\n')
+  if (a == 10) break
+}
+#===============================================================================
+# Funções
+#===============================================================================
+f = function(x) x/10 + 1
+f(x = 10)
+f(10)    # Chamada alternativa
+f = function(x) {
+  x/10 + 1
+}
+f(x = 10)
+f(10)    # Chamada alternativa
+# Pode atribuir valores aos argumentos:
+f = function(x, y = 3) {
+  x/10 + 1 - y
+}
+f(10)
+# Na chamada da função, pode-se usar o nome dos argumentos, passar novos valores
+# para as variáveis, não sendo necessário que os mesmos sigam a ordem declarada
+# na função (desde que os valores sejam acompanhados dos respectivos nomes):
+f(y = 1, x = 10)
+f = function(x, y) {
+    x/10 + 1 - y
+}
+f(1, 10)
+f(10, 1)
+# No fim dos argumentos, pode haver três pontos, representando todos os
+# argumentos não especificados:
+f = function(x, ...) {
+  plot(x, ...)
+}
+</code>
+==== Funções úteis ====
+=== Superfície de resposta ===
+== Função plotlm3d ==
+The simple, power and very flexible function **plotlm3d** enables you to plot 3d points and/or surfaces obtained from linear methods. It was adapted from scatter3d [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/index.html | Rcmdr package]] of John Fox and some [[ http://www.stat.wisc.edu/~deepayan | Deepayan Sarkar]] ideas.
+It requires the **rgl** package that you can download from [[http://cran.r-project.org|CRAN]].
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : plotlm3d
+# Original author: John Fox (scatter3d from package Rcmdr)
+# Changes        : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
+# Date (dd/mm/yy): 12/8/06 19:44:37
+# Version        : v18
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
+#===============================================================================
+# Arguments:
+# x                 variable for horizontal axis.
+# y                 variable for out-of-screen axis.
+# z                 variable for vertical axis (response).
+# surface           plot surface(s) (TRUE or FALSE).
+# model             one or more linear model to fit ('z ~ x + y' is the default).
+# groups            if NULL (the default), no groups are defined; if a factor,
+#                   a different surface or set of surfaces is plotted for each
+#                   level of the factor; in this event, the colours in plane.col
+#                   are used successively for the points and surfaces.
+# model.by.group    if TRUE the function will adjust one model for each level
+#                   of groups; the order of the models must be the same of the
+#                   level of the.
+# model.summary     print summary or summaries of the model(s) fit (TRUE or FALSE).
+# simple.axes       whether to draw sinple axes (TRUE or FALSE).
+# box               whether to draw a box (TRUE or FALSE).
+# xlab,
+# ylab,
+# zlab              axis labels.
+# surface.col       vector of colours for regression planes, used in the order
+#                   specified by fit.
+# point.col         colour of points.
+# grid.col          colour of grid lines on the regression surface(s).
+# grid 	            plot grid lines on the regression surface(s) (TRUE or FALSE).
+# grid.lines        number of lines (default, 26) forming the grid, in each of
+#                   the x and z directions.
+# sphere.factor     relative size factor of spheres representing points; the
+#                   default size is dependent on the scale of observations.
+# threshold         if the actual size of the spheres is less than the threshold,
+#                   points are plotted instead.
+# speed             revolutions of the plot per second.
+# revolutions       number of full revolutions of the display.
+plotlm3d <- function (x, y, z,
+                      surface        = T,
+                      model          = 'z ~ x + y',
+                      groups         = NULL,
+                      model.by.group = F,
+                      model.summary  = F,
+                      simple.axes    = T,
+                      box            = F,
+                      xlab           = deparse(substitute(x)),
+                      ylab           = deparse(substitute(y)),
+                      zlab           = deparse(substitute(z)),
+                      surface.col    = c('blue', 'orange', 'red', 'green',
+                                         'magenta', 'cyan', 'yellow', 'gray', 'brown'),
+                      point.col      = 'yellow',
+                      grid.col       = material3d("color"),
+                      grid           = T,
+                      grid.lines     = 26,
+                      sphere.factor  = 1,
+                      threshold      = 0.01,
+                      speed          = 0.5,
+                      revolutions    = 0)
+{
+  require(rgl)
+  require(mgcv)
+  summaries <- list()
+  if ((!is.null(groups)) && model.by.group)
+    if (!nlevels(groups) == length(model))
+      stop('Model number is different of the number of groups')
+  if ((!is.null(groups)) && (nlevels(groups) > length(surface.col)))
+    stop('Number of groups exceeds number of colors')
+  if ((!is.null(groups)) && (!is.factor(groups)))
+    stop('groups variable must be a factor.')
+  xlab; ylab; zlab
+  valid <- if (is.null(groups))
+    complete.cases(x, y, z)
+  else
+    complete.cases(x, y, z, groups)
+  x <- x[valid]
+  y <- y[valid]
+  z <- z[valid]
+  if (!is.null(groups))
+    groups <- groups[valid]
+  levs <- levels(groups)
+  size <- max(c(x,y,z))/100 * sphere.factor
+  if (is.null(groups)) {
+    if (size > threshold)
+      spheres3d(x, y, z, color = point.col, radius = size)
+    else
+      points3d(x, y, z, color = point.col)
+  }
+  else {
+    if (size > threshold)
+      spheres3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)], radius = size)
+    else
+      points3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)])
+  }
+  aspect3d(c(1, 1, 1))
+  if (surface) {
+    xvals <- seq(min(x), max(x), length = grid.lines)
+    yvals <- seq(min(y), max(y), length = grid.lines)
+    dat  <- expand.grid(x = xvals, y = yvals)
+    for (i in 1:length(model)) {
+      if (is.null(groups)) {
+        mod <- lm(formula(model[i]))
+        if (model.summary)
+          summaries[[model[i]]] <- summary(mod)
+        zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+        surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
+        if (grid)
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+            lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+      }
+      else { # groups is not NULL
+        if (!model.by.group) {
+          for (j in 1:length(levs)) {
+            mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[j]))
+            if (model.summary)
+              summaries[[paste(model[i], '.', levs[j], sep = '')]] <- summary(mod)
+            zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[j], alpha = 0.5, lit = F)
+            if (grid)
+             surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+                lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+            texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+              groups = levs[j])), paste(levs[j], ' '), adj = 1, color = surface.col[j])
+          }
+        }
+        else { # model.by.group is TRUE
+          mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[i]))
+          if (model.summary)
+            summaries[[paste(model[i], '.', levs[i], sep = '')]] <- summary(mod)
+          zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
+          if (grid)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+              lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+          texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+            groups = levs[i])), paste(levs[i], ' '), adj = 1, color = surface.col[i])
+        }
+      }
+    }
+  }
+  if(simple.axes) {
+    axes3d(c('x', 'y', 'z'))
+    title3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab)
+  }
+  else
+    decorate3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab, box = box)
+  if (revolutions > 0) {
+    start <- proc.time()[3]
+    startMatrix <- par3d("userMatrix")
+    while ((theta <- speed*(proc.time()[3] - start))/2/pi < revolutions) {
+      rgl.viewpoint(userMatrix = rotate3d(startMatrix, theta, 0, 0, 1))
+    }
+  }
+  if (model.summary)
+    return(summaries)
+  else
+    return(invisible(NULL))
+}
+</code>
+== Usando a função plotlm3d ==
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : Script to test plotlm3d
+# Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
+# Date (dd/mm/yy): 2012/07/01
+# Version        : v18
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
+#===============================================================================
+# mtrace(plotlm3d)
+# mtrace.off
+# Example 1
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                    surface       = F,
+                    groups        = Species,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+# Example 2
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    groups        = Species,
+                    simple.axes   = F,
+                    box           = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+# Example 3
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+ # Example 4
+ open3d()
+ rgl.bringtotop(stay = T)
+ with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                     model          = c('z ~ x + y',                            # to setosa
+                                        'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)', # to versicolor
+                                        'z ~ I(x^3) + I(y^3)'),                 # to virginica
+                     groups         = Species,
+                     model.by.group = T,
+                     simple.axes    = F,
+                     box            = F,
+                     xlab           = 'SL',
+                     ylab           = 'SW',
+                     zlab           = 'PL',
+                     grid           = F,
+                     sphere.factor  = 1))
+# Example 5: Netter
+x = c( 274,  180,  375,  205,   86,  265,   98,  330,  195,   53,
+,  372,  236,  157,  370)
+y = c(2450, 3254, 3802, 2838, 2347, 3782, 3008, 2450, 2137, 2560,
+, 4427, 2660, 2088, 2605)
+z = c( 162,  120,  223,  131,   67,  169,   81,  192,  116,   55,
+,  232,  144,  103,  212)
+mreg  = lm(z ~ x + y)
+ndata = data.frame(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100))
+zpred = predict(mreg, newdata = ndata, se.fit = F)
-----
+open3d()
-Descrição:
+rgl.bringtotop(stay = T)
-  * O Tinn-R é um programa de código aberto (GPL) desenvolvido em Object Pascal sob a IDE Delphi 7 da Borland.
+plotlm3d(x, y, z,
-  * Seu objetivo é facilitar o uso do interpretador R assim como uma ferramenta de produtividade.
+         surface = T,
+         model   = 'z ~ x + y',
+         xlab    = 'x',
+         ylab    = 'y',
+         zlab    = 'z')
+spheres3d(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100), zpred,
+          col = 'red', radius = 60)
+</code>
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