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--- pessoais:jcfaria [2007/01/01 09:15]
jcfaria
+++ pessoais:jcfaria [2007/02/28 11:59]
jcfaria
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
 ====== Página WIKI de José Cláudio Faria ======
+{{pessoais:i_in_the_beach_2007.png|125X210}}
+Na Praia do Sul de Ilhéus/Bahia (janeiro de 2007) refletindo profundamente sobre o R!!!
 ===== Tinn-R =====
-[[http://sourceforge.net/projects/tinn-r|Tinn-R]] GUI/Editor para o ambiente [[http://www.r-project.org/|R]].
+[[http://sourceforge.net/projects/tinn-r|Tinn-R]] GUI/Editor para o ambiente [[http://www.r-project.org/|R]] sob Windows.
+  * O Tinn-R é um programa de código aberto (sob GPL) desenvolvido em Object Pascal com a IDE Delphi_7 da Borland;
+  * Facilita o uso do interpretador R e aumenta a produtividade das análises e documentações;
+  * Possui, além dos recursos inerentes aos bons editores, ferramentas avançadas de conversão de formato de arquivos e compilação: [[http://txt2tags.sourceforge.net/|Txt2tags]], [[http://deplate.sourceforge.net/index.php|Deplate]], [[http://miktex.org/|Miktex]];
+  * Suporte ao [[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/FAQ.html|Sweave]];
+  * Permite interagir com o R em modo gráfico, o que aumenta a produtividade e facilita o uso, ao mesmo tempo em que estimula o aprendizado da linguagem R;
+  * Imagens:
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_01.png|}}
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_05.png|}}
+    * {{pessoais:tinn-r_figure_06.png|}}
+===== Materiais didáticos sobre o R =====
+==== Scripts ====
+=== Introdução ao R ===
+Abrir no Tinn-R e executar linha por linha buscando entender cada passo:
+<code>
+#===============================================================================
+# Título: Introdução ao R - IR
+# Curso : Métodos estatísticos aplicados à produção vegetal
+# Autor : José Cláudio Faria/UESC/DCET
+# Data  : 15/12/06 18:39:16
+# Versão: v7 - com comentários - cc
+# Objetivos:
+#===============================================================================
+# a) Apresentar os recursos gráficos básicos do R
+# b) Documentação e ajuda
+# c) Funções elementares
+# d) Estruturas de dados
+# e) Operadores
+# f) Estruturas de controle de fluxo
+# g) Funções
+#===============================================================================
+#===============================================================================
+# Exemplos
+#===============================================================================
+demo()
+demo(package = .packages(all.available = TRUE))
+demo(graphics)  # Recursos gráficos genéricos
+                # Para teclar <Enter> to see next plot:
+                # é necessário que a tela esteja ativa
+demo(image)     # Recursos gráficos 2D
+demo(persp)     # Recursos gráficos 3D
+library(lattice)
+demo(lattice)   # Recursos gráficos
+demo(glm.vr)    # Método lineares generalizados
+demo(lm.glm)    # Lineares e lineares generalizados
+#===============================================================================
+# Documentação e ajuda
+#===============================================================================
+?round
+?'for'  # ou ?”for“
+?'[['   # ou ?”[[“
+apropos('stem')
+help.search('stem')
+help.start()     # ou menu 'Help/Html help
+vignette()       # documentos em pdf (dependente dos pacotes instalados)
+vignette('grid') # abre pdf relacionado ao pacote grid
+#===============================================================================
+# Algumas funções elementares
+#===============================================================================
+set.seed(25)
+x = round(runif(n = 20, min = 0, max = 10), digits = 2)
+x
+sort(x)
+min(x)
+max(x)
+median(x)    # mediana
+mean(x)      # média
+var(x)       # variância
+sd(x)        # desvio padrão (standard deviation)
+sqrt(var(x))
+sum(x)       # somatório
+length(x)    # número de elementos
+round(x, digits = 1)
+round(x)
+fivenum(x)   # Returns Tukey's five number summary (minimum, lower-hinge, median, upper-hinge, maximum)
+quantile(x)  # quantis
+quantile(x, c(0, .33, .66, 1))
+cummax(x)
+cummin(x)
+plot(x, sin(x/20))
+cor(x, sin(x/20))
+# Imprimir no console uma mensagem ou o valor de uma variável:
+print('Teste:')
+x = 10
+print(x)
+# Concatenação:
+cat('\nValor de x =', x); cat('\n')
+cat('\n\tValor de x =', x); cat('\n')
+#===============================================================================
+# Estruturas de dados: MUITO IMPORTANTE!!!
+#===============================================================================
+#===============
+# Vetores
+#===============
+# Algumas das diversas maneiras de defini-los:
+c(1, 2, 3, 4, 5)
+:6
+seq(1, 10, by = 1)
+seq(1, 2, length = 10)
+letters[1:5]
+LETTERS[1:5]
+# Algumas maneiras de recuperá-los:
+x = seq(1, 10, by = 1)
+x
+x[5:10]
+x[c(5, 7:10)]
+x[-(5:10)]
+x > 5
+x[x > 5]
+x[x < 6]
+# Dar nomes aos componentes de um vetor:
+names(x)
+names(x) = letters[1:length(x)]
+x
+x['b']
+c(a = 1, b = 5, c = 10)
+# Algumas operações básicas:
+set.seed(3)
+x = round(runif(5, 0, 10), d = 1)
+x
+x/2
+x*2
+x+10
+sort(x)
+rev(sort(x))
+set.seed(16)
+x = sample(1:5, 10, replace = T)
+x
+sort(x)
+unique(x)
+x = c(1, 3, 2, 8, 5)
+x
+o = order(x)
+o
+x
+x[o[1:3]]
+#===============
+# Matrizes
+#===============
+m = matrix(c(1, 2, 3, 4), nrow = 2)
+m
+m[1,2]
+# O produto matricial:
+x = matrix(c(6, 7), nrow = 2)
+x
+m %*% x
+# O determinante de uma matriz:
+det(m)
+# A transposta de uma matriz:
+t(m)
+# Uma matriz diagonal:
+diag(c(1,2))
+# A identidade da matriz:
+diag(1, 2)
+diag(rep(1, 2))
+diag(2)
+# Comandos cbind e o rbind para criar matrizes:
+cbind(c(1, 2), c(3, 4))
+rbind(c(1, 3), c(2, 4))
+# O traço de uma matriz:
+sum(diag(m))
+# A inversa de uma matriz :
+solve(m)
+solve(m, x)
+solve(m) %*% x
+# Autovalores:
+eigen(m)$values
+# Autovetores:
+eigen(m)$vectors
+# Certificar se a matriz é realmente diagonalisável:
+p = eigen(m)$vectors
+d = diag(eigen(m)$values)
+p %*% d %*% solve(p)
+#===============
+# Arrays
+#===============
+ar = array(letters[1:24], c(2,4,3))
+ar
+ar[1,1,1] # ar[linha, coluna, dimensão] -> ar(x, y, z)
+ar[1,1,2]
+ar[1,2,3]
+class(iris3)
+iris3
+#===============
+# Fatores
+#===============
+set.seed(218)
+x = factor(sample(c('a', 'b', 'c'), 5, replace = T))
+x
+l = c('d', 'e', 'f')
+l
+set.seed(17)
+x = factor(sample(l, 5, replace = T), levels = l)
+x
+levels(x)
+# Pode-se preferir uma tabela:
+table(x)
+# Se os valores estão de acordo com alguma razão, pode-se gerar níveis:
+gl(1, 4)
+gl(2, 4)
+gl(2, 4, labels = c(T, F))
+gl(2, 1, 8)
+gl(2, 1, 8, labels = c(T, F))
+# Pode fazer o produto cartesiano de dois fatores:
+x = gl(2, 4)
+x
+y = gl(2, 1, length = 8)
+y
+interaction(x, y)
+# O comando expand.grid é comparável (ele produz um frame), sendo muito útil para
+# geração de níveis de fatores para as matrizes provenientes de dados
+# experimentais:
+a   = c('a1', 'a2', 'a3')
+b   = c('b1', 'b2')
+c   = c('c1', 'c2')
+dad = expand.grid(a, b, c)
+names(dad) = c('A', 'B', 'C')
+dad
+#===============
+# Frames
+#===============
+n = 10
+set.seed(17)
+dF = data.frame(x = rnorm(n),
+                y = sample(c(T, F), n, replace = T))
+dF
+# O comando str informa (retorna) a estrutura de um objeto e a parte dos dados
+# que contém:
+str(dF)
+# Quando os objetos são armazenados, com sua própria ordem, o comando “unclass”
+# da ordem pode alterá-lo:
+n = 10
+set.seed(3)
+x = runif(n)
+x
+set.seed(19)
+y = 1 - 2 * x + rnorm(n)
+y
+r = lm(y ~ x)
+r
+str(r)
+r$coefficients
+r$residuals
+summary(r)
+# A informação summary sumariza um objeto (aqui, um frame, mas vai bem com
+# quase todos objetos):
+summary(dF)
+dF
+# Pode-se ter acesso aos dados das colunas de diversas maneiras:
+dF$x
+dF[,1]
+dF[['x']]
+dim(dF)
+names(dF)
+row.names(dF)
+# Ou pode-se mudar o nome das linhas ou das colunas:
+names(dF) = c('a', 'b')
+row.names(dF) = LETTERS[1:10]
+names(dF)
+row.names(dF)
+str(dF)
+# Pode-se ter acesso direto as colunas de um frame usando o comando attach().
+# Obs: Não deve esquecer-se de destacá-lo detach() quando terminar:
+data(faithful)
+str(faithful)
+attach(faithful)
+str(eruptions)
+detach()
+#===============
+# Listas
+#===============
+h = list()
+h[['foo']] = 1
+h[['bar']] = c('a', 'b', 'c')
+str(h)
+# Por exemplo, os parâmetros gráficos são armazenados em uma lista usada
+# como contagens de chopping:
+str(par())
+h[['bar']] = NULL
+str(h)
+#===============
+# Outros
+#===============
+# O comando split torna possível separar os dados de acordo com o valor
+# de um fator:
+n = 10
+nn = 100
+set.seed(21)
+g = factor(round(n * runif(n * nn)))
+x = rnorm(n * nn) + sqrt(as.numeric(g))
+xg = split(x, g)
+boxplot(xg, col = 'lavender', notch = TRUE, varwidth = TRUE)
+str(xg)
+# O comando apply torna possível aplicar uma função (para o exemplo, a média,
+# quais, etc..) a cada coluna (ou linha) de um frame (ou de uma matriz):
+options(digits = 4)
+set.seed(5)
+dF = data.frame(x = rnorm(20),
+                y = rnorm(20),
+                z = rnorm(20))
+dF
+apply(dF, 2, mean)
+apply(dF, 2, range)
+# Em dimensões mais elevadas:
+options(digits=2)
+set.seed(2)
+m = array(rnorm(10^3), dim = c(10, 10, 10))
+a = apply(m, 1, mean)
+a
+b = apply(m, c(1, 2), mean)
+b
+apply(b, 1, mean)
+# A função tapply permite reagrupar as observações de acordo com o valor dos
+# fatores e uma função (média, soma, etc..) para cada grupo obtido assim:
+tapply(1:20, gl(2, 10, 20), sum)
+by(1:20, gl(2, 10, 20), sum)
+# A função sapply aplica a cada elemento de uma lista (ou de um vetor, etc..) e
+# se possível retorna um vetor. A função lapply faz a mesma coisa, mas retorna
+# uma lista:
+x = list(a = rnorm(10),
+         b = runif(100),
+         c = rgamma(50, 1))
+lapply(x, sd)
+sapply(x, sd)
+#===============================================================================
+# Operadores
+#===============================================================================
+-5:7
+set.seed(3)
+x = floor(10*runif(10))
+x
+x[3]
+x[1:3]
+x[c(1, 2, 5)]
+# O operador $ é reservado para recuperar um elemento de uma lista ou frame:
+op = par()
+op$col
+op[['col']]
+a = 'col'
+op[[a]]
+# A atribuição é feita por <- ou =.
+x <- 1.17
+x
+y = c(1, 2, 3, 4)
+y
+# O produto de matrizes (% * %):
+A = matrix(c(1, 2, 3, 4), nr = 2, nc = 2)
+J = matrix(c(1, 0, 2, 1), nr = 2, nc = 2)
+A
+J
+J %x% A
+# O operador %o% é usado manufaturar tabelas da multiplicação
+# (chama a função exterior com a multiplicação):
+A = 1:5
+B = 11:15
+names(A) = A
+names(B) = B
+A %o% B
+# A divisão euclidiana é %/%, seu restante é %%
+%% 3
+%/% 3
+*3 + 1
+# A sociedade de uma 'unidade' é feita por %in%
+%in% 1:100
+.1 %in% 1:100
+# O operador ~ é usado descrever modelos (ANOVAS, métodos lineares, etc).
+# Falaremos sobre ele mais tarde.
+# Para mais detalhes (sobre os operadores negligenciados nestas notas)
+# consulte o manual:
+?'+'
+?'<'
+?'<-'
+?'!'
+?'['
+?Syntax
+?kronecker
+?match
+library(methods)
+?slot
+# Pode-se definir seus próprios operadores, pois são função diretas com dois
+# argumentos cujo nome começa e as extremidades em %. O seguinte exemplo são
+# tração do manual.
+'%w/o%' = function(x, y) x[!x %in% y]
+(1:10) %w/o% c(3,7,12)
+#===============================================================================
+# Estruturas de controle
+#===============================================================================
+set.seed(15)
+x = rnorm(10)
+x
+y = ifelse(x > 0, 1, -1)
+y
+z = ifelse(x > 0, 1, ifelse(x < 0, '< zero', 0))
+z
+#===============
+# Conexão:
+#===============
+set.seed(59)
+x = letters[floor(1 + runif(1, 0, 4))]
+x
+y = switch(x,
+           a='Bonjour',
+           b='Gutten Tag',
+           c='Hello',
+           d='Konnichi wa')
+y
+#===============
+# Loop for:
+#===============
+a = 0
+for (i in 1:20) {
+  a = i
+  if(a <= 5 ) {
+    cat('a = ', a, '(<= 5)'); cat('\n')
+    next
+  }
+  if(a == 18) {
+    cat('a = ', a, '(= 18)'); cat('\n')
+    break
+  }
+}
+#===============
+# Loop while:
+#===============
+a = 0
+while (a < 11) {
+  if (a >= 3) print(a)
+  else cat('não\n')
+  a = a + 1  # expressão avaliada..
+}
+#===============
+# Loop repeat:
+#===============
+a = 0
+repeat {
+  a = a + 1
+  if (a >= 3) print(a)
+  else cat('não\n')
+  if (a == 10) break
+}
+#===============================================================================
+# Funções
+#===============================================================================
+f = function(x) x/10 + 1
+f(x = 10)
+f(10)    # Chamada alternativa
+f = function(x) {
+  x/10 + 1
+}
+f(x = 10)
+f(10)    # Chamada alternativa
+# Pode atribuir valores aos argumentos:
+f = function(x, y = 3) {
+  x/10 + 1 - y
+}
+f(10)
+# Na chamada da função, pode-se usar o nome dos argumentos, passar novos valores
+# para as variáveis, não sendo necessário que os mesmos sigam a ordem declarada
+# na função (desde que os valores sejam acompanhados dos respectivos nomes):
+f(y = 1, x = 10)
+f = function(x, y) {
+    x/10 + 1 - y
+}
-----
+f(1, 10)
-Descrição:
+f(10, 1)
-  * O Tinn-R é um programa de código aberto (GPL) desenvolvido em Object Pascal sob a IDE Delphi 7 da Borland.
-  * Seu objetivo é facilitar o uso do interpretador R assim como uma ferramenta de produtividade.
-----
+# No fim dos argumentos, pode haver três pontos, representando todos os
+# argumentos não especificados:
+f = function(x, ...) {
+  plot(x, ...)
+}
+</code>

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