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--- pessoais:jcfaria [2007/01/01 09:59]
jcfaria
+++ pessoais:jcfaria [2007/03/01 12:25]
jcfaria
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-====== Página WIKI de José Cláudio Faria ======
+====== José Cláudio Faria ======
+{{  pessoais:i_in_the_beach_2007.png}}
+Eu na Praia do Sul de Ilhéus/BA em janeiro de 2007 refletindo profundamente sobre estatística computacional e o R!!!
+Brincadeiras a parte...
+**1. Quem sou**
+- Engenheiro Agrônomo;
+- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG.
+**2. O que tenho feito profissionalmente**
+- Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
+- Coordenador e desenvolvedor do projeto Tinn-R (GUI/editor para o ambiente R).
+**3. Sobre o R**
+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional.
+**4. Sobre o futuro**
+- Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
+- Aprimorar o Tinn-R e disponibilizá-lo também para a plataforma Linux;
+- Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
 ===== Tinn-R =====
@@ Linha 5: / Linha 38: @@
   * O Tinn-R é um programa de código aberto (sob GPL) desenvolvido em Object Pascal com a IDE Delphi_7 da Borland;
-  * Facilita o uso do interpretador R, assim como, é uma exelente ferramenta de produtividade.
+  * Facilita o uso do interpretador R e aumenta a produtividade das análises e documentações;
+  * Possui, além dos recursos inerentes aos bons editores, ferramentas avançadas de conversão de formato de arquivos e compilação: [[http://txt2tags.sourceforge.net/|Txt2tags]], [[http://deplate.sourceforge.net/index.php|Deplate]], [[http://miktex.org/|Miktex]];
+  * Suporte ao [[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/FAQ.html|Sweave]];
+  * Permite interagir com o R em modo gráfico, o que aumenta a produtividade e facilita o uso, ao mesmo tempo em que estimula o aprendizado da linguagem R;
   * Imagens:
     * {{pessoais:tinn-r_figure_01.png|}}
@@ Linha 11: / Linha 47: @@
     * {{pessoais:tinn-r_figure_06.png|}}
-===== Materiais didáticos sobre o R =====
+===== Materiais sobre o R =====
 ==== Scripts ====
+Todos os usuários estão automaticamente convidados a darem sugestões e alterarem contrutivamente todas as funções e scripts desta página. Solicito a gentileza de me enviar um [[joseclaudio.faria@terra.com.br | email]] comunicando as alterações.
 === Introdução ao R ===
@@ Linha 551: / Linha 589: @@
   plot(x, ...)
 }
+</code>
+==== Funções úteis ====
+=== Tabelas e histogramas ===
+== Função tb.table ==
+Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas, vetores e data.frames.
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : tb.table
+# Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi
+# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
+# Version        : v24
+# Aim            : To make tables of frequency distribution and associated
+#                  histogram
+#===============================================================================
+# Arguments:
+# breaks         : Method to determine number of classes= c('Sturges', 'Scott', 'FD')
+# by             : Variable to group
+# end            : Last class (high value)
+# h              : Classes extent
+# k              : Class number
+# right          : Intervals right open (default = FALSE)
+# start          : First class (small value)
+# x              : A R object (vector or data.frame)
+# histogram      : Plot histogram (default = TRUE)
+# title.histogram: Title of histogram c('auto', 'none')
+#===============================================================================
+# Common functions
+tb.make.table.I <- function(x,
+                            start,
+                            end,
+                            h,
+                            right,
+                            histogram,
+                            titleH)
+{
+  f    <- table(cut(x, br=seq(start, end, h), right=right)) # Absolut freq
+  fr   <- f/length(x)                                       # Relative freq
+  frP  <- 100*(f/length(x))                                 # Relative freq, %
+  fac  <- cumsum(f)                                         # Cumulative freq
+  facP <- 100*(cumsum(f/length(x)))                         # Cumulative freq, %
+  fi   <- round(f, 2)
+  fr   <- round(as.numeric(fr), 2)
+  frP  <- round(as.numeric(frP), 2)
+  fac  <- round(as.numeric(fac), 2)
+  facP <- round(as.numeric(facP),2)
+  res  <- data.frame(fi, fr, frP, fac, facP)                # Make final table
+  names(res) <- c('Class limits', 'fi', 'fr', 'fr(%)', 'fac', 'fac(%)')
+  # Making the histogram: With Benilton suggestions
+  if (histogram) {
+    hist(x,
+         breaks = seq(start, end, h),
+         freq   = T,
+         right  = right,
+         xlab   = 'Class limits', ylab='Frequency',
+         col    = 'LightYellow',
+         main   = titleH,
+         xlim   = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)),
+         las    = 1,
+         xaxt   = 'n')
+    axis(1, at=round(seq(start, end, h), 2))
+  }
+  return(res)
+}
+tb.make.table.II <- function (x,
+                              k,
+                              breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
+                              right=FALSE,
+                              histogram,
+                              titleH)
+{
+  x <- na.omit(x)
+  # User defines only x and/or 'breaks'
+  # (x, {k,}[breaks, right])
+  if (missing(k)) {
+    brk   <- match.arg(breaks)
+    switch(brk,
+           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
+           Scott   = k <- nclass.scott(x),
+           FD      = k <- nclass.FD(x))
+    tmp   <- range(x)
+    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
+    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
+    R     <- end-start
+    h     <- R/k
+  }
+  # User defines 'x' and 'k'
+  # (x, k,[breaks, right])
+  else {
+    tmp   <- range(x)
+    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
+    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
+    R     <- end-start
+    h     <- R/abs(k)
+  }
+  tbl     <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
+  return(tbl)
+}
+# With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!)
+tb.table <- function(x, ...) UseMethod("tb.table")
+# Table form vectors
+tb.table.default <- function(x,
+                             k,
+                             start,
+                             end,
+                             h,
+                             breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
+                             right=FALSE,
+                             histogram=TRUE,
+                             title.histogram=c('auto', 'none'))
+{
+  # User defines nothing or not 'x' isn't numeric -> stop
+  stopifnot(is.numeric(x))
+  x <- na.omit(x)
+  # User defines only 'x'
+  # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right])
+  if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) {
+    brk   <- match.arg(breaks)
+    switch(brk,
+           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
+           Scott   = k <- nclass.scott(x),
+           FD      = k <- nclass.FD(x))
+    tmp   <- range(x)
+    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
+    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
+    R     <- end-start
+    h     <- R/k
+  }
+  # User defines 'x' and 'k'
+  # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right])
+  else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) {
+    stopifnot(length(k) >= 1)
+    tmp   <- range(x)
+    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
+    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
+    R     <- end-start
+    h     <- R/abs(k)
+  }
+  # User defines 'x', 'start' and 'end'
+  # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right])
+  else if (missing(k) && missing(h)) {
+    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1)
+    tmp <- range(x)
+    R   <- end-start
+    k   <- sqrt(abs(R))
+    if (k < 5)  k <- 5 # min value of k
+    h   <- R/k
+  }
+  # User defines 'x', 'start', 'end' and 'h'
+  # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right])
+  else if (missing(k)) {
+    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1)
+  }
+  else stop('Please, see the function sintax!')
+  if (histogram) {
+    x11()
+    par(mfrow=c(1, 1))
+    title.histogram <- match.arg(title.histogram)
+    switch(title.histogram,
+           auto = titleH <- 'x',
+           none = titleH <- '')
+  }
+  tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
+  return(tbl)
+}
+# Table form data.frames
+tb.table.data.frame <- function(df,
+                                k,
+                                by,
+                                breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
+                                right=FALSE,
+                                histogram=TRUE,
+                                title.histogram=c('auto', 'none'))
+{
+  stopifnot(is.data.frame(df))
+  tmpList <- list()
+  nameF   <- character()
+  nameY   <- character()
+  # User didn't defines a factor
+  if (missing(by)) {
+    logCol <-  sapply(df, is.numeric)
+    nHist  <- length(logCol[logCol])
+    if (histogram) {
+      count = 0
+      if (nHist > 1) {
+        x11()
+        par(mfrow=c(4, 1))
+      }
+    }
+    for (i in 1:ncol(df)) {
+      if (logCol[i]) {
+        count  <- (count + 1)
+        if (count == 5) {
+          x11()
+          par(mfrow=c(4, 1))
+          count <- 1
+        }
+        title.histogram <- match.arg(title.histogram)
+        switch(title.histogram,
+               auto = titleH <- names(logCol[i]),
+               none = titleH <- '')
+        x       <- as.matrix(df[ ,i])
+        tbl     <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
+        tmpList <- c(tmpList, list(tbl))
+      }
+    }
+    valCol <- logCol[logCol]
+    names(tmpList) <- names(valCol)
+    return(tmpList)
+  }
+  # User defines one factor
+  else {
+    namesdf   <- names(df)
+    pos       <- which(namesdf == by)
+    stopifnot(is.factor((df[[pos]])))
+    nF        <- table(df[[pos]])
+    logCol    <- sapply(df, is.numeric)
+    nHist     <- length(logCol[logCol])
+    nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12)  # 12 is the maximum easily visible
+    if (histogram) {
+      count <- 0
+      x11()
+      par(mfrow=c(4, 3))
+    }
+    for(i in 1:length(nF)) {
+      tmpdf  <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i]))
+      logCol <- sapply(tmpdf, is.numeric)
+      for (j in 1:ncol(tmpdf)) {
+        if (logCol[j]) {
+          count  <- (count + 1)
+          if (count == 13) {
+            x11()
+            par(mfrow=c(4, 3))
+            count <- 1
+          }
+          nameF  <- names(nF[i])
+          nameY  <- names(logCol[j])
+          nameFY <- paste(nameF,'.', nameY, sep="")
+          title.histogram <- match.arg(title.histogram)
+          switch(title.histogram,
+                 auto = titleH <- nameFY,
+                 none = titleH <- '')
+          x            <- as.matrix(tmpdf[ ,j])
+          tbl          <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
+          newFY        <- list(tbl)
+          names(newFY) <- sub(' +$', '', nameFY)
+          tmpList      <- c(tmpList, newFY)
+        }
+      }
+    }
+  }
+  return(tmpList)
+}
+</code>
+== Testar função tb.table ==
+O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table.
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : tb.table_test
+# Original author: Jose Cláudio Faria
+# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
+# Version        : v24
+# Aim            : To learn how to use the function tb.table
+#===============================================================================
+# Observation    : Test it line by line
+#===============================================================================
+# 1.Tables
+# 1.1. Tables from vectors
+#===============================================================================
+## To debug
+# mtrace.off()
+# mtrace(tb.make.table.I)
+# mtrace(tb.make.table.II)
+# mtrace(tb.table.default)
+# mtrace(tb.table.data.frame)
+# Make a vector
+set.seed(1)
+x=rnorm(150, 5, 1)
+tb.table(x, his=F)
+tb.table(x)
+tb.table(x, title.his='none')
+tb.table(x, k=10, his=T)
+#Title
+tb.table(x, title.his='teste') #error!
+tb.table(x, title.his='none')
+tb.table(x, title.his='auto')
+# Equal to above
+tb.table(x, breaks='Sturges')
+# Equal to above
+tb.table(x, breaks='St')
+tb.table(x, breaks='Scott')
+# Equal to above
+tb.table(x, b='Sc')
+tb.table(x, breaks='FD')
+# Equal to above
+tb.table(x, breaks='F')
+tb.table(x, breaks='F', right=T)
+# Will make a error!
+tb.table(x, breaks='S') #('S'turges) and ('S'cott)
+tb.table(x, k=4)
+tb.table(x, k=20)
+# Partial
+tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error!
+tb.table(x, start=4, end=6, his=F)
+# Equal to above
+tb.table(x, s=4, e=6, his=F)
+# Partial
+tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F)
+# Partial
+tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F)
+# Nonsense
+tb.table(x, start=0, end=10, h=.5)
+# First and last class forced (fi=0)
+tb.table(x, start=1, end=9, h=1)
+tb.table(x, start=1, end=10, h=2)
+#===============================================================================
+# 1.2. Tables from data.frames
+#===============================================================================
+# Make a data.frame
+mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:4], 25),
+               X2 =as.factor(rep(1:10, 10)),
+               Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA),
+               Y2 =rnorm(100, 60, 4),
+               Y3 =rnorm(100, 50, 4),
+               Y4 =rnorm(100, 40, 4))
+tb.table(mdf)
+tb.table(mdf, title.his='none')
+# Equal to above
+tb.table(mdf, breaks='Sturges')
+# Equal to above
+tb.table(mdf, breaks='St')
+tb.table(mdf, breaks='Scott')
+tb.table(mdf, breaks='FD')
+tb.table(mdf, k=4)
+tb.table(mdf, k=10)
+levels(mdf$X1)
+tbl = tb.table(mdf, k=5, by='X1')
+length(tbl)
+names(tbl)
+tbl
+tb.table(mdf, breaks='FD', by='X1')
+# A 'big' result: X2 is a factor with 10 levels!
+tb.table(mdf, breaks='FD', by='X2')
+tb.table(mdf, breaks='FD', k=5, by='X2')
+tb.table(iris, k=5)
+tb.table(iris, k=10)
+levels(iris$Species)
+tbl=tb.table(iris, k=5, by='Species')
+length(tbl)
+names(tbl)
+tbl
+tb.table(iris, k=5, by='Species', right=T)
+tb.table(iris, breaks='FD', by='Species')
+library(MASS)
+levels(Cars93$Origin)
+tbl=tb.table(Cars93, k=5, by='Origin')
+names(tbl)
+tbl
+tb.table(Cars93, breaks='FD', by='Origin')
 </code>

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