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publications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 08:02]
cristianonn
publications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 14:47] (atual)
paulojus
Linha 1: Linha 1:
-{{gallery>:​publications:​papercompanions}}====== Survival analysis in plant pathology ======+====== Survival analysis in plant pathology ====== 
 Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\ Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\
 IDESIA 31(2)  IDESIA 31(2) 
Linha 5: Linha 6:
 ==== Supplementary Material ==== ==== Supplementary Material ====
  
-Data +  ​{{:​publications:​papercompanions:​idesia2013:​data.csv|Data}} 
- +  - R code for analysis 
- +    {{:publications:​papercompanions:idesia2013:​rfun.r|Functions}} 
-**R code for analysis** +    {{:​publications:​papercompanions:​idesia2013:​script.r|R Script}}
- +
-require(survival) +
-source("​Rfun.r"​) +
-dados  < ​read.csv('​data.csv', header=T, dec=","​) +
-dados$ano <- as.factor(dados$ano)  +
-dados$arvore <- as.factor(dados$arvore) +
- +
-(s1  <survfit(Surv(tempo,​ status)~ cult, data=subset(dados,​ ano=="​1"​))) +
-(s2  <survfit(Surv(tempo,​ status)~ cult, data=subset(dados,​ ano=="​2"​))) +
-(s   <- survfit(Surv(tempo,​ status)~ cult, data=dados)) +
- +
-survdiff(Surv(tempo,​ status)~ cult + strata(ano),​ data=subset(ensac,​ ano==1)) +
-survdiff(Surv(tempo,​ status)~ cult + strata(ano),​ data=subset(ensac,​ ano==2)) +
-survdiff(Surv(tempo,​ status)~ cult + strata(ano),​ data=ensac) +
- +
-fit <- coxph(Surv(tempo,​ status) ~ strata(ano)+ cult + frailty(arvore),​ data=dados) +
-summary(fit) +
- +
-(residuo.sch <- cox.zph(fit)) +
- +
-### Plots  +
- +
-par(mfrow=c(2,​2),​mar=c(5,​4,​1,​1),​ oma=c(1,​1,​1,​1)) +
-# kaplan meier +
-par(mar=c(4,​4,​1,​1)) +
-plot(s, conf.int=F, lty=c(2:4), ylim=c(0.5, 1),  +
-     ​xlab="​Survival time (days)",​ +
-     ​font.lab=2,​ font=2, cex=1.5, ylab="​Probability of survival",​ +
-     ​main="",​ lwd=c(2, 3, 4)) +
-legend("​bottomright",​ bty="​n",​ cex=2, "​a"​) +
-legend(0.5, 0.7, c('​Cultivar A','​Cultivar B','​ Cultivar C'), +
-       ​cex=1.2,​ bty="​n",​x.intersp=0.2,​ y.intersp=1,​ +
-       ​xjust=0,​ lty=2:4, lwd=c(2, 3, 4)) +
- +
-# frailty  +
-par(mar=c(4,​4,​1,​1)) +
-plot.frail(ensac$arvore,​ fit, xlab="​Peach tree",​ +
-            font=2, font.lab=2, ylim=c(0.3,​2.3),​ +
-           ​main=""​) +
-legend("​bottomright",​ bty="​n",​ cex=2, "​b"​) +
-legend("​topleft",​ bty="​n",​ cex=1.2, "​Frailty (p = 0,​17)"​) +
- +
-# residuals  +
- +
-par(mar=c(4,​4,​1,​1)) +
-plot(residuo.sch,​ var="​cultB",​font=2,​ font.lab=2, main="",​ +
-     ​ylim=c(-21,​21)) +
-legend("​bottomright",​ bty="​n",​ cex=2, "​c"​) +
-legend("​topleft",​ bty="​n",​ cex=1.2, "= 0,14 (p = 0,​0925)"​) +
- +
- +
-par(mar=c(4,​4,​1,​1)) +
-plot(residuo.sch,​ var="​cultC",​font=2,​ font.lab=2, main="",​ +
-      ylim=c(-21,21)) +
-legend("​bottomright",​ bty="​n",​ cex=2, "​d"​) +
-legend("​topleft",​ bty="​n",​ cex=1.2, "= 0,12 (p = 0,​1442)"​)+
  

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