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--- ridiculas [2011/07/05 14:18]
walmes [Como fazer a justaposição de vários data.frames]
+++ ridiculas [2011/08/13 10:05]
jcfaria [.Rprofile no Linux]
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-===== Ridículas - dicas curtas sobre R =====
+===== R-idículas - dicas curtas sobre R =====
 {{:nuvem.png?550 |}}
-**//Ridículas//** é a página do LEG dedicada à fornecer //dicas curtas// sobre R, e.g. condução de análises, operação com dados e confecção de gráficos. As dicas estão organizadas pelo título, seguido de descrição, palavras-chave e CMR (código mínimo reproduzível). Se você deseja contribuir com a nossa página de Ridículas, envie e-mail para ''walmes@ufpr.br''.
+**//R-idículas//** é a página do LEG dedicada à fornecer //dicas curtas// sobre R, e.g. entre outras: otimização do ambiente, condução de análises, operação com dados e confecção de gráficos. As dicas estão organizadas pelo título, seguido de descrição, palavras-chave e CMR (código mínimo reproduzível). Se você deseja contribuir com a nossa página de R-idículas, envie e-mail para ''walmes@ufpr.br''.
 ----
+==== .Rprofile no Linux ====
+<code R>
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+#                                                                               por JCFaria
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+</code>
+Esse post tem a finalidade de compartilhar algumas coisas que considero importantes na inicialização do R no Linux!
+Muitas das opções importantes, do ponto de vista funcional (não relativos à aparência), podem ser feitas no arquivo .Rprofile.
+Esse arquivo deve ficar localizado no home do usuário (~/.Rprofile) e é um dos primeiros a ser lido quando uma sessão do
+R é iniciada.
+Tenho uma função (bem simples) que uso bastante em meu dia a dia: "cv" para calcular o coef. de variação de uma ANOVA:
+<code R>
+cv <- function(av)
+{
+  if(is.null(av) || !inherits(av, 'aov'))
+    stop('Please, check the parameter!')
+  qmee <- with(av, sum(residuals^2) / df.residual)
+  cv   <- 100 * sqrt(qmee) / mean(av$fitted.values)
+  return(round(cv, 2))
+}
+</code>
+Pois bem, a medida que vamos aumentando nossa intimidade com o R (inevitavelmente) iremos desenvolvendo nossas próprias
+funções (o R foi projetado para isso).
+<fc #000080>Ai vem o problema: ter que sempre carregar a função quando for usar, o que pode se tornar uma chatisse!
+Pior ainda, ao limpar o workspace do usuário (.GlobalEnv) ela é removida e precisa ser recarregada. Imagine o contexto da necessidade de várias funções, que é o que geralmente acontece com o passar do tempo ...</fc>
+<fc #000080>**Tem como contornar? Sim! De várias formas:**</fc>
+**//1. Opção muito pouco prática://**
+<code R>
+oldp <- getwd()
+setwd('/home/jcfaria/dados/r/funcoes/')
+source('cv.r')
+setwd(oldp)
+</code>
+A função "cv" ficará disponível no meu workspace mas será removida com a instrução:
+<code R>
+> rm(list=ls())
+</code>
+muito usada por várias GUIs.
+**//2. Opção mais prática://**
+A mesma que a anterior, contudo, a função não deverá se chamar "cv", mas sim ".cv".
+Nesse caso ela permanecerá como um objeto oculto no meu workspace e não será removida com a intrução:
+<code R>
+> rm(list=ls())
+</code>
+Contudo, poderá ser removida com a intrução:
+<code R>
+> rm(list=ls(all=TRUE))
+</code>
+**//3. Colocando suas funções em algum ambiente (environment) do R (optei pelo base)://**
+<code R>
+oldp <- getwd()
+setwd('/home/jcfaria/dados/r/funcoes/')
+source('cv.r', local=baseenv())
+setwd(oldp)
+</code>
+Ela não ficará no meu workspace, mas sim no base.
+Como tal, poderá ser usada com qualquer outra função desse pacote.
+**//4. Criando seu próprio ambiente (acho a solução mais elegante)://**
+<code R>
+oldp <- getwd()
+setwd('/home/jcfaria/dados/r/funcoes/')
+.jcf <- new.env()
+source('cv.r', local=.jcf)
+setwd(oldp)
+</code>
+Nesse último caso [**//4//**]:
+  * O objeto ".jcf" ficará oculto no meu workspace evitando ser deletado com: rm(list=ls())
+  * Parar acessar a função "cv" é necessário:
+<code R>
+> .jcf$cv
+# ou
+> with(.jcf, cv)
+</code>
+Por exemplo:
+<code R>
+> av <- aov(Sepal.Length ~ Species, data=iris)
+> .jcf$cv(av)
+[1] 8.81
+# ou
+> with(.jcf, cv(av))
+[1] 8.81
+</code>
+Esta forma de carregar funções de forma permanente no R pode ser usado para qualquer outro objeto!
+No Windows bastava usar no /etc/Rprofile.site:
+<code R>
+source('cv', local=TRUE)
+</code>
+que ela ficava disponível no pacote base.
+No Windows não testei na versão em desenvolvimento (instável) que uso no Linux,
+mas deve funcionar, pois usei por muitos anos em várias versões.
+Abaixo meu .Rprofile:
+<code R>
+## José Cláudio Faria/UESC/DCET
+##¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬
+## General options
+library(utils)
+options(list(repos='http://cran-r.c3sl.ufpr.br/',
+             width=80,
+             editor='vim',
+             browser='chromium'))
+##¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬
+## Package debug: options
+options(list(debug.height=10,
+             debug.width=125,
+             debug.screen.pos='-1680+00' # dois monitores!
+             ))
+##¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬
+## Funtions: myself
+oldp <- getwd()
+setwd('/home/jcfaria/dados/r/funcoes/')
+#source('fitreg.r',    local=baseenv())
+#source('fitregl.r',   local=baseenv())
+#source('fitrlcor.r',  local=baseenv())
+#source('plotreg.r',   local=baseenv())
+#source('plotrl.r',    local=baseenv())
+#source('plotlm3d.r',  local=baseenv())
+#source('cv.r',        local=baseenv())
+#source('rs.r',        local=baseenv())
+#source('sourcedir.r', local=baseenv())
+.jcf <- new.env()
+source('fitreg.r',    local=.jcf)
+source('fitregl.r',   local=.jcf)
+source('fitrlcor.r',  local=.jcf)
+source('plotreg.r',   local=.jcf)
+source('plotrl.r',    local=.jcf)
+source('plotlm3d.r',  local=.jcf)
+source('cv.r',        local=.jcf)
+source('rs.r',        local=.jcf)
+source('sourcedir.r', local=.jcf)
+##¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬
+## Removing variables
+setwd(oldp)
+rm(oldp)
+##¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬¬
+## Packages: loading
+#library(fdth)
+#library(ScottKnott)
+#library(bpca)
+#library(TukeyC)
+#library(reshape)
+#library(debug)
+attach(.jcf)
+<\code>
+----
 ==== Como fazer a justaposição de vários data.frames ====
@@ Linha 1397: / Linha 1583: @@
 hx <- seq(media+2*stder, media+3*stder, .01)
 hy <- dnorm(hx, media, stder)
-n <- length(hy)
+n <-
+ length(hy)
 polygon(c(hx, rev(hx)), c(hy, rep(0, n)), col=2)
 </code>

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