Configuração e uso do LCPAD

O CCAD - Centro de Computação de Alto Desempenho - disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.

O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória.

Este é um sistema alternativo a outro existente na UFPR, o LCPAD com algums configurações e filosofias de uso diferentes.

O CCAD procura estimular/incentivar o uso de programas que rodem em paralelo!!

Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o CCAD vinculados a um projeto de PJ.

• as máquinas do CCAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet (ssh por exemplo)
• O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
• o acesso deve ser feito sempre à servidora ccad.ufpr.br
• a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando rlogin (mais detalhes abaixo)
• O acesso à servidora ccad.ufpr.br pode ser feito por ssh (inclusive gráfico com ssh -X) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:

  % ssh LOGIN@ccad.ufpr.br

• ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD
• Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:

  % passwd 

• O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com comandos básicos do LINUX
• É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ccad.ufpr.br.

O R foi compilado na servidora do CCAD e está em um diretório não usual:

/cluster/sw/R

Portando o binário para execução está em:

/cluster/sw/R/bin/R

Para evitar ter que digitar todo este caminho quando for iniciar o R voce pode adicionar no seu arquivo .bashrc a seguinte linha:

alias R="/cluster/sw/R/bin/R"

Depois disto voce poderá usar o R simplesmente digitando

R

Lembrando ainda que trabalhos de R em background são submetidos com:

% R 

% R CMD BATCH seu_programa.R &
% tail -f seu_programa.Rout

O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre submissão e controle de processos em sua página. Se tiverem dicar para o R coloquem aqui!!!

Pacotes adicionais podem ser instaldos em sua conta se desejado. Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. Para usar pacotes instalados na conta de PJ acrescente a seguinte linha no seu arquivo .Rprofile:

.libPaths("/home/paulojus/Rlibs")

Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ.

1. No R sugere-se sempre colocar no seu programa comandos print() (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com

   % tail -f seu_programa.Rout

2. Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux:

   % ps -u SEU_LOGIN 
   % top

Agradecemos ao Prof. Manoel Cunha (CESEC) e Christian (POP) pelo apoio, instruções e soluções para uso do CCAD.