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software:rcitrus [2006/12/29 21:47] paulojus criada |
software:rcitrus [2008/11/06 16:43] elias |
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| - | ===== Equipe ===== | + | ====== Rcitrus ====== |
| - | Elias e PJ | + | |
| + | Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas. | ||
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| + | O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o [[http://www.r-project.org|R]], que é uma linguagem e ambiente para computação estatística. | ||
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| + | Pagina externa ao wiki: [[http://leg.ufpr.br/~elias/Rcitrus|Rcitrus]] | ||
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| + | ===== Autores ===== | ||
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| + | [[http://www.leg.ufpr.br/~elias|Elias Teixeira Krainski]] - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG) | ||
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| + | [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | ||
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| + | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus]] | ||
| ===== Resumo ===== | ===== Resumo ===== | ||
| + | Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu | ||
| + | desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise | ||
| + | estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns | ||
| + | procedimentos para análise do padrão espacial da incidência | ||
| + | de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, | ||
| + | foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei | ||
| + | de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. | ||
| + | Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de | ||
| + | suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e | ||
| + | a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico | ||
| + | com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de | ||
| + | Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de | ||
| + | dados binários com dependência espacial em lattices regulares. | ||
| + | |||
| + | ==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ||
| + | |||
| + | - Leitura e escrita de dados em planilhas | ||
| + | - Conversores para classes de representação espaço temporal | ||
| + | - Validação de dados | ||
| + | - Análise por quadrat counts | ||
| + | - Análise de processos pontuais | ||
| + | - Modelo autologístico | ||
| + | - Simulação de dados com padrão espacial | ||
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| + | ===== Download e instalação ===== | ||
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| + | ===Dependências=== | ||
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| + | - R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. | ||
| + | - Pacotes [[http://www.leg.ufpr.br/geoR|geoR]], splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: | ||
| + | * > install.packages("geoR") | ||
| + | * > install.packages("splancs") | ||
| + | * > install.packages("sp") | ||
| + | |||
| + | ===Instalação em Linux/Windows=== | ||
| + | * **Instalação padrão** O download e instalação diretamente na linha de comandos do R é feita com o comando:<code R> | ||
| + | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus") </code> | ||
| + | |||
| + | * **Download dos pacotes** (código fonte e/ou outros tipos de instalação) | ||
| + | * Fonte: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]]** | ||
| + | * Binário para Windows: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.zip|Rcitrus_0.3-1.zip]]** | ||
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| + | ===== Manuais ===== | ||
| + | - Introdução ao Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/intro.pdf|pdf]] | ||
| + | - Trabalhando com dados de doenças de plantas em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/citrusData.pef|pdf]] | ||
| + | - Validação de dados de Citrus em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/valida.pdf|pdf]] | ||
| + | - Análise descritiva de dados de doenças de plantas com o Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/descritiva.pdf|pdf]] | ||
| + | - Análise por quadrat counts em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/quadrats.pdf|pdf]] | ||
| + | - Análise de processos pontuais em dados de Citrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/ppontuais.pdf|pdf]] | ||
| + | - Modelo autologístico [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/autologistic.pdf|pdf]] | ||
| + | - Simulação de dados de doenças em plantas [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/simula.pdf|pdf]] | ||
| - | ===== To Do ===== | + | ===== Desenvolvimento ===== |
| + | O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação [[http://www.leg.ufpr.br|(LEG)]], da Universidade Federal do Paraná.\\ | ||
| + | O desenvolvimento foi parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura [[http://www.fundecitrus.com.br/|(FUNDECITRUS)]]. | ||
| - | ===== Links ===== | ||
| - | - [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus|Página web do Rcitrus]] | ||
