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software:rcitrus [2006/12/29 21:47] paulojus |
software:rcitrus [2008/11/06 16:14] elias |
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Linha 1: | Linha 1: | ||
- | ===== Equipe ===== | + | ====== Rcitrus ====== |
- | Elias e PJ | + | |
+ | Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas. | ||
+ | |||
+ | O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o R , que é uma línguagem e ambiente para computação estatística. | ||
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+ | \\ | ||
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+ | ===== Autores ===== | ||
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+ | [[http://www.leg.ufpr.br/~elias|Elias Teixeira Krainski]] - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG) | ||
+ | |||
+ | [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | ||
+ | |||
+ | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus]] | ||
===== Resumo ===== | ===== Resumo ===== | ||
+ | Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu | ||
+ | desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise | ||
+ | estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns | ||
+ | procedimentos para análise do padrão espacial da incidência | ||
+ | de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, | ||
+ | foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei | ||
+ | de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. | ||
+ | Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de | ||
+ | suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e | ||
+ | a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico | ||
+ | com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de | ||
+ | Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de | ||
+ | dados binários com dependência espacial em lattices regulares. | ||
+ | |||
+ | ==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ||
+ | |||
+ | - Leitura e escrita de dados em planilhas | ||
+ | - Conversores para classes de representação espaço temporal | ||
+ | - Validação de dados | ||
+ | - Análise por quadrat counts | ||
+ | - Análise de processos pontuais | ||
+ | - Modelo autologístico | ||
+ | - Simulação de dados com padrão espacial | ||
+ | |||
+ | ===== Download e instalação ===== | ||
+ | |||
+ | ===Dependências=== | ||
+ | |||
+ | - R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. | ||
+ | - Pacotes geoR, splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: | ||
+ | * > install.packages("geoR") | ||
+ | * > install.packages("splancs") | ||
+ | * > install.packages("sp") | ||
+ | |||
+ | ===Instalação em Linux=== | ||
+ | *O código fonte disponível para download: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]]** | ||
+ | * O download e instalação diretamente na linha de comandos do R é feita com o comando: | ||
+ | |||
+ | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus") | ||
+ | |||
+ | === Instalação em Windows === | ||
+ | *Arquivo para download do pacote compilado: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/windows/Rcitrus_0.3-1.zip|Rcitrus_0.3-1.zip]]** | ||
+ | *O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: | ||
+ | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus/windows") | ||
- | ===== To Do ===== | + | ===== Manuais ===== |
+ | - Introdução ao Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/intro.pdf|pdf]] | ||
+ | - Trabalhando com dados de doenças de plantas em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/citrusData.pef|pdf]] | ||
+ | - Validação de dados de Citrus em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/valida.pdf|pdf]] | ||
+ | - Análise descritiva de dados de doenças de plantas com o Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/descritiva.pdf|pdf]] | ||
+ | - Análise por quadrat counts em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/quadrats.pdf|pdf]] | ||
+ | - Análise de processos pontuais em dados de Citrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/ppontuais.pdf|pdf]] | ||
+ | - Modelo autologístico [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/autologistic.pdf|pdf]] | ||
+ | - Simulação de dados de doenças em plantas [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/simula.pdf|pdf]] | ||
- | ===== Sugestões para o Rcitrus ===== | + | ===== Desenvolvimento ===== |
+ | O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação [[http://www.leg.ufpr.br|(LEG)]], da Universidade Federal do Paraná. E parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura [[http://www.fundecitrus.com.br/|(FUNDECITRUS)]]. | ||
- | ===== Links ===== | ||
- | - [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus|Página web do Rcitrus]] | ||