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software:rcitrus [2008/11/06 15:53] elias |
software:rcitrus [2008/11/06 16:38] elias |
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Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas. | Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas. | ||
- | O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o R , que é uma línguagem e ambiente para computação estatística. | + | O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o [[http://www.r-project.org|R]], que é uma linguagem e ambiente para computação estatística. |
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[[http://www.leg.ufpr.br/~elias|Elias Teixeira Krainski]] - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG) | [[http://www.leg.ufpr.br/~elias|Elias Teixeira Krainski]] - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG) | ||
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[[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | ||
- | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus] | + | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus]] |
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+ | ===== Resumo ===== | ||
+ | Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu | ||
+ | desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise | ||
+ | estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns | ||
+ | procedimentos para análise do padrão espacial da incidência | ||
+ | de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, | ||
+ | foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei | ||
+ | de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. | ||
+ | Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de | ||
+ | suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e | ||
+ | a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico | ||
+ | com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de | ||
+ | Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de | ||
+ | dados binários com dependência espacial em lattices regulares. | ||
==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ||
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- Simulação de dados com padrão espacial | - Simulação de dados com padrão espacial | ||
- | ==== Download e instalação ==== | + | ===== Download e instalação ===== |
- | Para instalar o Rcitrus, há as seguintes DEPENDÊNCIAS: | + | ===Dependências=== |
- | * A versão 2.5.0 do R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. | + | - R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. |
- | * Pacotes geoR, splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: | + | - Pacotes [[http://www.leg.ufpr.br/geoR|geoR]], splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: |
* > install.packages("geoR") | * > install.packages("geoR") | ||
* > install.packages("splancs") | * > install.packages("splancs") | ||
* > install.packages("sp") | * > install.packages("sp") | ||
- | A instalação do Rcitrus pode ser feita seguindo os passos: | + | ===Instalação em Linux/Windows=== |
+ | * **Instalação padrão** O download e instalação diretamente na linha de comandos do R é feita com o comando:<code R> | ||
+ | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus") </code> | ||
- | * Para Windows, o download pode ser feito do link: | + | * **Download dos pacotes** (código fonte e/ou outros tipos de instalação) |
- | + | * Fonte: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]]** | |
- | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows/Rcitrus_0.3-1.zip||Rcitrus_0.3-1.zip]] - arquivo de instalação para ambiente Windows. | + | * Binário para Windows: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.zip|Rcitrus_0.3-1.zip]]** |
- | + | ||
- | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: | + | |
- | + | ||
- | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows") | + | |
- | + | ||
- | * Para Linux, o download pode ser feito do link: | + | |
- | + | ||
- | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]] - código fonte e arquivos para instalação em ambiente Linux. | + | |
- | + | ||
- | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: | + | |
- | + | ||
- | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus") | + | |
===== Manuais ===== | ===== Manuais ===== | ||
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===== Desenvolvimento ===== | ===== Desenvolvimento ===== | ||
- | O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação [[http://www.leg.ufpr.br|(LEG)]], da Universidade Federal do Paraná. E parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura [[http;//www.fundecitrus.com.br/|(FUNDECITRUS)]]. | + | O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação [[http://www.leg.ufpr.br|(LEG)]], da Universidade Federal do Paraná.\\ |
- | + | O desenvolvimento foi parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura [[http://www.fundecitrus.com.br/|(FUNDECITRUS)]]. | |
- | ===== Statistics ===== | + | |
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- | <html> | + | |
- | <a href="http://www4.clustrmaps.com/counter/maps.php?url=http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus" id="clustrMapsLink"><img src="http://www4.clustrmaps.com/counter/index2.php?url=http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus" style="border:0px;" alt="Locations of visitors to this page" title="Locations of visitors to this page" id="clustrMapsImg" onerror="this.onerror=null; this.src='http://www2.clustrmaps.com/images/clustrmaps-back-soon.jpg'; document.getElementById('clustrMapsLink').href='http://www2.clustrmaps.com';" /> | + | |
- | </a> | + | |
- | </html> | + | |
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- | ===== Resumo ===== | + | |
- | Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu | + | |
- | desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise | + | |
- | estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns | + | |
- | procedimentos para análise do padrão espacial da incidência | + | |
- | de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, | + | |
- | foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei | + | |
- | de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. | + | |
- | Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de | + | |
- | suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e | + | |
- | a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico | + | |
- | com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de | + | |
- | Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de | + | |
- | dados binários com dependência espacial em lattices regulares. | + | |
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- | ===== To Do ===== | + | |
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- | ===== Sugestões para o Rcitrus ===== | + | |
- | ===== Links ===== | ||
- | - [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus|Página web do Rcitrus]] |