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software:rcitrus [2008/11/06 15:54] elias |
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[[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR | ||
- | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus] | + | Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus]] |
+ | |||
+ | ===== Resumo ===== | ||
+ | Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu | ||
+ | desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise | ||
+ | estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns | ||
+ | procedimentos para análise do padrão espacial da incidência | ||
+ | de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, | ||
+ | foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei | ||
+ | de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. | ||
+ | Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de | ||
+ | suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e | ||
+ | a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico | ||
+ | com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de | ||
+ | Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de | ||
+ | dados binários com dependência espacial em lattices regulares. | ||
==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ==== Funcionalidades e métodos implementados ==== | ||
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- Simulação de dados com padrão espacial | - Simulação de dados com padrão espacial | ||
- | ==== Download e instalação ==== | + | ===== Download e instalação ===== |
Para instalar o Rcitrus, há as seguintes DEPENDÊNCIAS: | Para instalar o Rcitrus, há as seguintes DEPENDÊNCIAS: | ||
- | * A versão 2.5.0 do R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. | + | - A versão 2.5.0 do R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. |
- | * Pacotes geoR, splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: | + | - Pacotes geoR, splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos: |
* > install.packages("geoR") | * > install.packages("geoR") | ||
* > install.packages("splancs") | * > install.packages("splancs") | ||
Linha 36: | Linha 51: | ||
A instalação do Rcitrus pode ser feita seguindo os passos: | A instalação do Rcitrus pode ser feita seguindo os passos: | ||
- | * Para Windows, o download pode ser feito do link: | + | - Linux |
- | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows/Rcitrus_0.3-1.zip||Rcitrus_0.3-1.zip]] - arquivo de instalação para ambiente Windows. | + | O download pode ser feito do link: |
- | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: | + | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]] - código fonte e arquivos para instalação em ambiente Linux. |
- | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows") | + | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: |
- | * Para Linux, o download pode ser feito do link: | + | * > install.packages("Rcitrus", contrib="http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus") |
- | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]] - código fonte e arquivos para instalação em ambiente Linux. | + | - Windows |
+ | O download pode ser feito do link: | ||
- | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: | + | [[http://www.leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows/Rcitrus_0.3-1.zip||Rcitrus_0.3-1.zip]] - arquivo de instalação para ambiente Windows. |
- | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus") | + | O download e a instalação diretamente na linha de comandos é feita com o comando: |
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+ | > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.est.ufpr.br/Rcitrus/windows") | ||
===== Manuais ===== | ===== Manuais ===== |